《閣樓上的王子》講述王世子李恪失去了心愛的世子嬪後，意外的與臣子們一起穿越了300年的時空，來到了21世紀首爾的王世子，變成了住在屋頂上的小人物，遇見了和死去的世子嬪容貌相同的洪世娜(鄭柔美 飾)，並繼續了一段良緣的故事。
在朝鮮的宮殿內，世子殿下李恪的嬪宮華蓉離奇死去，李恪用盡各種方法想查明心愛的嬪宮死去的真相。然而在嬪宮美麗的外表下卻藏著一段不為人知的過去， 少時曾為爭奪嬪宮之位而蓄意在妹妹芙蓉的臉上留下永無法抹去的傷痕…300年後的現代，世娜與繼妹朴荷之間，亦展開了一斷不解之緣，而在15年後，有著與李恪同樣面貌的泰瑢對朴荷一見鐘情。
【第02集】
穿越了300年的世子殿下等人絲毫摸不著頭緒，被朴荷送到昌德宮後，輾轉流浪了兩天，靠萬寶描繪出朴荷的車牌而被警察送回朴荷家。朴荷因一時心軟而收留他們，不料四人卻把朴荷家搞得烏煙瘴氣，朴荷便要他們留下來工作抵債。世子殿下碰巧見到與華蓉有著同樣外貌的世娜，認定穿越300年必然與嬪宮被毒害一案有關，又發現與自己有著同樣相貌的龍泰瑢。
【第03集】
呂會長因世子殿下反常的行為而暈倒，泰武立即把世子殿下打發走，並派人調查朴荷，搶先一步要朴荷隱瞞世子殿下的下落，朴荷帶世子殿下到昌德宮。無意間看見世子殿下在芙蓉池前落淚，後來朴荷臨時帶世子殿下去採草莓，閒餘時間到遊樂園去度過開心時光。世娜透過母親終於讓朴荷鬆口，安排世子殿下去見公司呂會長，世子殿下在離開時再次看見與嬪宮同樣相貌的世娜。
【第04集】
朴荷的蔬果店開不成，而世娜幫助朴荷的條件是要她回美國。看見嬪宮卻被攆出大樓的世子殿下在大雨中等不到朴荷，對遲來的她大發雷霆，心力交瘁的朴荷亦沒好氣地與世子殿下爭吵一番。世子殿下聽見朴荷的情況，便毅然套上娃娃裝幫忙賣草莓，卻在陰錯陽差下聽見朴荷要回美國一事。世子殿下看見世娜穿著婚紗的轉播便衝到現場，被泰武給打落水後失去意識。
【第05集】
世子殿下在落水時突然浮現了泰瑢的片斷記憶，便思索著也許已死在某處的泰瑢應是自己的轉世，而世娜便是華蓉的轉世，或許是這兩件事之間的關連將他牽引到了這裡，因此決定變成泰瑢來解開這重重謎團。在朴荷赴美前夕，世子殿下帶著燒酒和鮮奶油來找她，聽她分享過往的種種，世子殿下決意要挽留朴荷，並決定答應呂會長的條件剪頭髮，把屋塔房買下來。
【第06集】
世子殿下和三臣子正式到公司上班，世子殿下要求要讓世娜陪他熟悉公司的業務 並趁機不斷向世娜表示好感 而在此時，朴荷卻漸漸對世子殿下心生情愫。朴荷與萬玉在祭拜朴荷父親後，特地到朴荷父生前最愛的豆腐店，卻在那裡巧遇張會長，萬玉心急離開，卻被泰武的車撞倒在地，後一步趕到的世娜看見泰武，狠心卻回過頭，而這一幕竟想起了朴荷的兒時記憶。
【第07集】
朴荷心碎地想起童年世娜丟棄她的記憶，又發現世子殿下竟把那條手鍊送給了世娜，頓時五味雜陳，莫名對世子殿下感到生氣。朴荷因萬玉的請託而來到Home&Shopping上班，得知張會長要找的女兒就是朴荷，世娜看見朴荷要來上班後更感憤怒，世子殿下發現朴荷小時候的照片，決定循著線索帶朴荷來尋找兒時記憶；泰武帶世子殿下來打壁球，當面揭穿他並不是泰瑢。
【第08集】
在搬入屋塔房的喬遷宴上，泰武刻意準備了泰瑢喜歡吃的醬油醃螃蟹，但卻會令世子殿下致命的醬油醃螃蟹，世子殿下為了取信於眾人而勉強吞下，知道事實的朴荷立即帶世子殿下就醫。世子殿下對朴荷說假扮龍泰瑢就是他從朝鮮來此的理由，朴荷在萬玉的介紹下去相親，世子殿下雖極力替她打扮，心裡卻不是滋味，世娜發現朴荷房裡名信片上的簽名竟是泰瑢的，立即向呂會長報告。
【第09集】
朴荷被呂會長誤解卻沒有任何解釋，世子殿下看在眼裡十分心疼，不惜對呂會長說自己喜歡朴荷，甚至在院子跪了一夜，終於讓呂會長動搖。朴荷生日前夕，世子殿下因手絹不見而與朴荷大吵，朴荷整夜在舊衣回收廠翻找卻徒然無功，原來手絹早已被世娜撿走 世娜眼看要被東萬趕出公司，便改從龍泰瑢身上下手，陰錯陽差下代替朴荷前往赴世子殿下的約，並向他表白。
【第10集】
世娜決定將朴荷的一切都搶過來，因此刻意接近世子殿下，而世子殿下也一心一意沉浸在與世娜越來越親近的喜悅中。三臣子領到第一份薪水，朴荷帶他們去買送家人的禮物並大肆玩樂後，從萬寶口中得知世子殿下要找的人竟是在朝鮮遇害的嬪宮，而其轉世正是世娜，朴荷頓感五味雜陳，世子殿下愈來愈在意朴荷的一舉一動，而朴荷竟在不自覺間送出一封告白簡訊。
【第11集】
世子殿下假裝沒看見簡訊，泰然的與朴荷相處。朴荷從萬玉那裡拿到泰武當初毀掉的泰瑢手機交給世子世子殿下，得知原來泰武當時在美國確實與泰瑢見過面。世子殿下要朴荷不要喜歡自己，卻一再對她好令朴荷感到混亂，世子殿下只好把自己來到朝鮮並要與世娜結婚之事告訴朴荷，朴荷傷心欲絕。朴荷陪萬寶到物流倉庫卻不甚被關了起來，而此時倉庫竟失火。
【第12集】
世娜刻意讓呂會長曲解泰瑢為朴荷放棄簽約一事，世子殿下為了保護朴荷刻意帶著她在外逗留。泰瑢簽約未成被理事會撻伐，泰武刻意替泰瑢爭取一次競爭機會，世子殿下便決定運用戰略打敗泰武。泰武從東萬口裡得知世娜的身世，並發現原來世娜的母親正是萬玉，而朴荷就是張會長要找的女兒。朴荷前往外地面試，世子殿下誤會朴荷不告而別，終於弄清了自己的感情。
【第13集】
世子殿下終於向朴荷表露自己的感情，二人度過了甜蜜的一天。之後，朴荷決定就此打住並搬離屋塔房，世子殿下氣急敗壞地與朴荷大吵一架，並說出要她回美國的氣話。世子殿下租下了一間豪華套房，要致山將契約書交給朴荷，卻因世娜從中作梗讓朴荷誤以為世子殿下給了她一張機票，傷心離去。世子殿下與朴荷重逢，追究之下發現與朴荷間的誤會竟是世娜所造成。
【第14集】
世子殿下與世娜對質，世娜情急間以呂會長做擋箭牌，事後世娜立即去找呂會長使計說服，而這一切卻全被世子殿下看在眼裡。世子殿下發現世娜眾多秘密 亦得知原來世娜的妹妹就是朴荷，失望之餘決定放棄從朝鮮來此的目的，宣告悔婚，泰武要世娜冒充張會長的女兒，張會長將計就計想得知世娜與泰武的目的，世子殿下推敲所有事情的來龍去脈，驚覺朴荷便是芙蓉。
【第15集】
世子殿下發現朴荷就是芙蓉，便開始懷疑為何他們一行人會掉落在朴荷的住處而非世娜，並認為朝鮮的命案也許與芙蓉有密切關係。世娜假扮仁珠要求張會長支持泰武成為代表理事，張會長反過來支持龍泰瑢，並當面戳破世娜的謊言。 三臣子潛入泰武辦公室尋找他前往芝加哥的線索，表常務卻已等在那裡，表常務告訴世子殿下真正的泰瑢還活著，並說出了他的計策。
【第16集】
世子殿下再次假扮成泰瑢親近泰武，欲從他身上取得他謀害泰瑢的證據，又以冒牌泰瑢身分處處刺探泰武。朴荷看見甦醒後的泰瑢完全不認識自己，以為世子殿下和三臣子已回到朝鮮，直到無意間看見泰瑢口袋掉出的戒指，才得知這一切都是表常務和世子殿下安排的計策。世娜誤以為張會長已知道朴荷是她女兒，泰武將朴荷騙出來將她關進冷凍車，以此威脅世子殿下。
【第17集】
世子殿下為了救朴荷而跑去找泰武，把泰瑢的手機交給泰武後，連忙趕去將朴荷救出。張會長告訴世娜她其實是仁珠的姊姊，世娜決定與張會長一起前往香港，並永遠隱瞞朴荷就是仁珠的事實。世娜為了泰武進泰瑢房間偷筆電卻被呂會長逮個正著，二人在爭執之際，呂會長滾下了樓梯，世娜倉皇逃離，朴荷因世子殿下的一番話鼓起勇氣將照片拿給張會長，母女終於相認。
【第18集】
世子殿下發現呂會長的死與泰武和世娜有關聯卻苦無證據。朴荷因世子殿下消失的情況越來越頻繁，感到十分不安，在世子殿下與朴荷發現決定性證據時，泰武亦使計陷害世子殿下讓他被關警局，目的是要阻擾他繼承呂會長的財產。世子殿下在千釣一髮之際出席，順利繼承遺產，泰武因世子殿下握有決定性證據起了殺機，要世娜將世子殿下引到蓄水池，發現這陰謀的朴荷趕到。
【第19集】
朴荷替世子殿下被車撞，掉進了蓄水池，瞬間王世子想起了朝鮮的芙蓉池，令他心痛欲裂，送醫後發現朴荷的肝嚴重受損，需要立即做肝臟移植手術，王世子急忙聯絡世娜，請求世娜幫忙，泰武欲帶著世娜逃往國外，世娜不敵良心的苛責而決定留下來救朴荷，而世子殿下等人亦順利讓警方逮捕泰武，在一切塵埃落定後 致山，萬寶和龍戌開始一一消失在現代的時空。
【第20集】
世子殿下一行人回到朝鮮後，揭開世子嬪弒殺案的一切真相，原來是芙蓉發現父親洪萬弼一干人欲毒害世子殿下的陰謀，一心戀慕世子殿下的她決意犧牲自己以保全世子殿下與家人，世子殿下欲治洪萬弼等人的罪，險些死在武昌君的箭下，幸有朴荷的鍊子保護才逃過一劫，朴荷來到芙蓉池畔，收到世子殿下所寫時隔300年的信，淚流不止，回到店裡，看見門口夾著一張明信片。