長林王府世子平章奉命防守甘州城，在敵軍步步逼近的情勢下卻苦等不到後方補給的到來，但平章依舊不願因此撤離。在琅琊閣上學藝的平旌得知了哥哥平章缺乏補給而受困甘州的消息後急忙趕去支援，但等他抵達時卻發現平章已經身受重傷而生命垂危。

蕭庭生認為大同府沈船一案絕對不會是意外，因此他決定指派平旌去負責徹查此案，為了要讓平旌一路上能有所照應，黎老堂主因此決定要讓林奚也前去安穩大同府的濟風堂之局面。

平旌和林奚兩人一同抵達大同府的濟風堂後發覺在他們抵達之前濟風堂已經遭到了官兵們的搜查，這讓平旌認定這其中一定與沈船一案有所關聯。平旌為了要能夠深入了解情況而決定要潛入府台大人的府中來一探究竟，沒想到卻被府中的一名絕世高手發現了平旌的行蹤。

平旌在河底的船骸中找到了致使發生沈船的物證，這也讓他確認大同府沈船一案並非意外。為了要確保人證的安全，平旌獨自前往拜見府台大人，在此同時段桐舟協同秦師爺率兵一同前去元啟藏匿船夫和濟風堂大夫的酒坊搜查。

平旌和紀琛將軍決定要夜宿在一個易守難攻的地點來保證人證張府尹的安全，沒想到段桐舟依舊前來突襲並且以暗器攻擊了張府尹的囚車。以為已經成功解決掉證人的段桐舟卻沒想到張府尹人居然不在囚車之中，原來是平旌早已看破手腳而事先做了防備。

宋浮對他所犯罪行一一認罪，不過卻堅稱他並沒有與紀琛合謀，這讓平旌認為不管是誰說謊都並不合理，但平章卻懷疑也許兩人說的都是實話。段桐舟突然從大牢裡脫逃了，飛盞奉命追拿這位琅琊高手。

飛盞率禁軍與巡防營一同圍捕段桐舟，沒想到段桐舟卻在萊陽府外消失蹤影，飛盞因此到萊陽府中搜查並且請萊陽太夫人將衣櫃一一打開，果然發現段桐舟的萊陽太夫人卻因為他握有一個把柄而未能告知飛盞實情。林奚確認了淺雪妝盒裡的物質的確為東海朱膠並且將這個事實告知了平旌。

飛盞率禁軍到濮陽上師所在的乾天院搜查段桐舟的下落，濮陽上師雖然同意讓飛盞入內搜查但卻不料飛盞發現了濮陽上師用來窩藏段桐舟的密室。平旌為了要替大嫂淺雪治病而按照林奚的交待前去採藥。

得知皇后在調查世子妃蒙雪妝盒藏毒一案，萊陽太夫人急忙前去找濮陽纓詢問該如何應對。平旌打算要去找元啟時卻發現他的兩位友人正在議論世子妃不孕的是非，這平旌非常憤怒而出手教訓了他們，恰巧經過的飛盞發現此事而試圖阻攔，兩人因此大打出手。

琅琊榜上第一高手墨淄侯出現在東海使團的名單上讓長林王王府不敢輕忽，平章向皇上建議派出飛盞與平旌兩位高手與其抗之。墨淄侯趕在東海使團抵達之前進入了金陵城，為了追查當年淑妃之死的真相，他將當年與接生有關的相干人等依序審問並且滅口。

墨淄侯出現在乾天院並且質問濮陽纓為何要寫信向他表示淑妃之死的內幕，濮陽纓願意將殺害淑妃的兇手告知墨淄侯並且與他完成共同的目標。墨淄侯偷偷潛入長林王府來確認府中戒備是否森嚴，沒想到卻立刻遭守衛發現且平旌也立刻追了過來。

平旌和飛盞兩人一同前往萊陽侯府來調查淑妃一案，沒想到元啟準備帶他們去找母親時卻發現母親已經遭到墨淄侯殺害。周管家突然被長林王押送至寒州幽禁，這讓平旌感到不解而前去詢問平章，平章為了不再隱瞞平旌而打算要將他所知道的祕密告訴平旌。

平旌認為是他害了大哥平章跟大嫂淺雪之間一直沒有孩子，因此感到非常自責的平旌只能跑到林奚那訴苦而不敢回去長林王府。東海使團抵達金陵城面見大梁陛下，不過墨淄侯卻沒有出現在使團之中。墨淄侯和濮陽纓兩人主動去找元啟表明可以幫助他復仇，不過元啟卻不願輕易相信兩人所言。

北燕使團準備要到訪金陵城，沒想到隨行的人員中再度出現了一位琅琊榜中的高手拓跋宇，這讓庭生覺得彷彿是有人刻意安排讓琅琊高手陸續進入金陵城。北燕打算要和大梁修好並且將其郡主嫁入大梁，不過平章知道父親想要北燕的某樣東西來換取兩國修好。

七大馬場的人馬決定要聯手阻止北燕使團抵達金陵城進行和談。平旌與平章討論後決定親自率領巡防營的人馬去保護北燕使團。濮陽纓決定要利用雙方人馬發生衝突的時候來對付平旌。

平章和平旌兩人奉命迎接北燕使團，除了琅琊高手拓跋宇之外，平旌發現準備要嫁入大梁的郡主重華也是武功高強。段桐舟身傷繡有獨特的圖樣，這讓平旌想起他也許曾經在他人身上也看到相同的圖樣。

飛盞與拓跋宇比武結束之後，重華郡主突然提出也想和平旌比武，平旌為了要讓賓主盡歡而接受了重華的邀約，不過就在兩人比試的難分勝負之時，平旌的劍卻突然斷裂而刺向了惠王殿下，這也讓兩國和談留下了變數。

平章將平旌帶去見拓跋宇，沒想到怒氣未消的拓跋宇一見到平旌便與他打了起來，平章非但未加阻止還拿劍讓雙方互鬥。庭生在朝堂之上堅稱北燕惠王之死並非是意外，而是重華郡主刻意借比武來刺殺惠王，這讓荀首輔認為庭生是刻意要挑起爭端。

東宮突然間失火讓眾人急忙滅火與救出太子，這件事讓皇后非常生氣而決定要將值夜之人全數誅殺。濮陽纓向皇后提出白神告知他太子有性命之憂，這讓皇后非常生氣而責罵濮陽纓並且威脅要殺了他，但濮陽纓卻告訴皇后必須以百姓之命來解太子之危。

赤霞鎮開始有多人發病，當地大夫發覺事態不對而趕緊向京兆尹府稟報，不過執掌的官員李固早已被皇后下令不得介入此事。平旌再次跑到濟風堂尋找林奚，不過林奚在得知赤霞鎮的疫情後便急忙趕去救治，平旌擔心林奚的安危而決定前往赤霞鎮找她。

荀首輔和平章兩人決議將金陵封城來控制疫情的擴散。林奚也染上了疫病讓平旌相當擔憂，不過林奚卻沒有忘卻救人的念頭而決定要以身試藥。平章發現了林奚就是當年與平旌訂下婚約的女孩，他詢問老堂主為何不說出此事。

在濟風堂經過多日的努力後終於調配出治療疫病所需要的藥方，不過其中一味重要的藥材白茵草卻存量不足。元啟為了要取得平章的信任而決定將母親的遺書交付給他並且向他說明濮陽纓的罪行。元啟跟平旌兩人一同去抓捕濮陽纓的手下，但當他們準備要讓對方招供時，濮陽纓的手下卻立刻自盡。

平旌拿著濮陽纓手下身上的紋繡圖案到濟風堂要給林奚辨認，但是林奚卻剛好不在，雲姐發現後深怕身分因此暴露，急忙告訴平旌她看見了濮陽纓，平旌不疑有他地跟著雲姐一同前去抓拿濮陽纓，但雲姐卻趁隙拿短刃刺殺平旌。

雖然老堂主與平章表示平旌的霜骨之毒並無解藥可解，不過知情的林奚私下詢問老堂主為何不將玄螭蛇膽可解之法告訴平章。平章聽到了林奚與老堂主的對話後決定要設法從濮陽纓手中拿到玄螭蛇膽來救治平旌。

平章為了要拿到蛇膽來解救平旌而率人闖進了濮陽上師的洞穴之中，濮陽上師設下了機關要平章選擇是否願意犧牲性命來換取平旌的解藥。

濮陽纓拿當初皇后下旨要讓他製造瘟疫的詔書交給元啟，想藉此讓元啟放他一條生路，但元啟並不打算就這樣放過濮陽纓。老堂主與林奚想到了以一枚蛇膽解平章與平旌兩人之毒的辦法，但就當他們準備要替兩人解毒之時，北燕的拓跋宇卻突然來拜訪平章而打亂了原本的計劃。

平章率大軍趕往北境拯救了受困的長林王，但也因此毒發倒地不起，平旌急忙趕去北境尋找哥哥平章。林奚決定要將她替平章渡血給平旌的真相告訴平旌，這讓平旌因此無法原諒林奚的選擇。

淺雪決定要到琅琊山上休養身體，林奚打算一起上山並且照顧淺雪。平旌向父親請求到北境去從軍，庭生非但沒有拒絕還要平旌到甘州營磨練一番。元啟聽聞平旌要到北境便打算跟隨以求發展的機會。皇帝時日不多而開始擔心長林王的安危，為了不讓旁人輕易陷害長林王，皇帝決定要讓他輔政來鞏固地位。

林奚決定要離開琅琊山到各國遍走來盡嚐百草，希望可以彙編一部藥典來造福世人。平旌從北境回到了金陵城，庭生決定要將長林兵符交付給平旌讓他來護衛北境。為了要削減長林王府的勢力，荀首輔決定要重新編製皇家羽林軍，希望可以藉此削弱長林王府的舊部勢力。

長林王在朝堂上詢問陛下關於重編羽林軍的原因，陛下反過來詢問長林王難道不同意這個決定，長林王認為陛下尚未成年不應如此急於重編羽林軍，這個說法引起了太后的不滿。平旌從金陵回到北境的途中繞道琅琊山去探望淺雪，老閣主也給平旌一個消息來幫助他固守北境。

平旌依照約定和覃凌碩見面後深知大梁與大渝之間必有一戰，因此他決定要隻身前往大渝境內探查大渝的動向。林奚恰巧也在同一時間前往大渝境內採集藥草樣本，這也讓平旌與林奚兩人再次有了見面的機會。

平旌打算要利用日食之天象來擊敗大渝皇屬軍的主力部隊，因此他寫了一封信將這個計畫告訴了父親長林王，元自願替平旌送信給長林王，平旌不疑有他的將信交付給了元啟。元啟趁著送信回金陵城的同時前去拜訪荀首輔，他將平旌有意起兵之事告知了荀首輔，這也讓平旌的計畫因此埋下了變數。

荀首輔雖然非常看重元啟所通報的消息，但另一方面卻又擔心元啟是長林王府派來打探朝臣底細的人，元啟為了要取信於荀首輔而決定要將當年從濮陽纓手上拿到的太后詔書交給荀首輔。荀首輔將長林王協助平旌起兵的事情告訴了陛下，這讓陛下決定親自向長林王詢問真相。

荀首輔多日稱病告假讓飛盞因此起了疑心，飛盞在安如的通報之下發現荀首輔已經離京，他急忙通知長林王來想辦法阻止荀首輔影響平旌的作戰計畫。平旌得知荀首輔準備要朝著甘州而來，於是他便派人想盡辦法沿路阻止荀首輔前來，希望能趕在頒旨之前將大渝皇屬軍殲滅。

平旌率領長林軍殲滅了大渝皇屬軍主力而讓北境可以不再受大渝侵襲，但荀首輔卻沒有因此而原諒平旌抗旨的罪行，在平旌的承諾下他答應讓平旌親自回去金陵受審。飛盞眼看平旌準備遭受到審判而希望長林王可以出面幫助平旌，但長林王卻不願為此造成朝廷的鬥爭。

荀首輔在朝堂上不斷追問平旌抗旨出兵一事，雖然平旌表明是為了北境的安寧才做出這個決定，但荀首輔卻認為平旌如此一來豈不是有可能要罷黜陛下，沒想到長林王卻告訴荀首輔不無這個可能，此話一出讓在場所有人都為之震驚。

長林王離開了人世，陛下決定褫奪平旌的懷化將軍之位並且收回兵權，詔令平旌離京守孝。金陵城中少了長林王府的把守，墨淄侯趁此機會再次來找元啟，他希望元啟替他竊取大梁東境十個州府的邊防細節，並且表示他會回饋元啟相對的好處。

平旌帶著父親的靈柩離開了金陵城，這也讓墨淄侯再次找上了意志仍未堅定的元啟，他再次向元啟表明兩人如何合作來創造雙贏的局面，充滿野心的元啟開始對這項提議產生了興趣。平旌決定不再過問世事而到琅琊山生活，林奚則打算到大梁的西南尋覓更多奇花異果，對彼此仍有情感的兩人就此分別。

元啟風光迎娶安如進門，但就當他開心迎接賓客的同時，負責替墨淄侯與他聯繫的戚夫人卻突然來訪，這讓深怕事跡敗露的元啟感到相當不安。平旌知道琅琊榜單已經擬好，他迫不及待請藺九讓他先睹為快，發現墨淄侯不在榜單上的平旌，這才得知東海發生了重大的變化。

平旌察看完東海之戰的戰報後發覺其中有許多過程不甚合理，這讓他和飛盞懷疑主帥元啟的動機並不單純。眼看所剩時間不多，元啟打算要拉攏成立不久的東湖羽林軍來共同推翻當前的朝局，而他關鍵的第一步便是要先說服東湖羽林軍的大統領狄將軍。

東境三州遲遲未能收復，這讓大梁皇帝想要請長林王平旌來幫忙出謀劃策，元啟眼看無法阻止便主動請旨去琅琊山找平旌。佩兒無意間聽到了何成和戚夫人的對話而發現了元啟和東海勾結的事實，這讓她感到驚恐萬分，在安如的逼問之下，佩兒打算將真相全盤說出。

佩兒將她所知道有關於元啟勾結東海的內容都告訴了安如，不過安如卻懷疑是有人唆使佩兒誣陷元啟，正當兩人爭論不休的同時元啟突然出現並且認定佩兒誣陷他而打算要將她處死。戚夫人再次找元啟談論合作的機會，這次東海打算要替元啟除掉荀首輔來換取大梁工部的舊稿。

佩兒終於恢復清醒而將元啟與東海勾結的事實告訴了岳銀川將軍，原本就對東海之戰有所疑惑的岳銀川將軍打算向荀首輔舉報元啟的罪行。荀首輔聽了岳銀川將軍的推論後決定要想辦法從安如口中問出有關於元啟是否有與東海勾結的真相。

荀首輔與元啟兩人對話後都發現對方有所猜忌，這讓元啟決定主動找戚夫人聯手刺殺荀首輔，另一方面荀首輔則是打算找岳銀川將軍一同進宮舉報元啟。戚夫人告訴元啟她已經安排好所有的人手，隨時可以進行刺殺，但唯獨顧忌飛盞會出手阻攔。

正當平旌與林奚兩人準備舉行婚禮的前夕，平旌收到了荀首輔遇刺身亡的消息，他急忙請人聯繫飛盞到琅琊山來找他。安如得知刺殺荀首輔的刺客就在府中，這讓她再也無法忍受而打算要向飛盞說出所有真相。飛盞未能抓到刺殺荀首輔的凶手讓陛下自嘆無能維護江山而打算要找平旌回京來安定朝局。

荀太后打算要取消春獵，眼看如此一來便不能依照計畫篡位，元啟想盡辦法要讓荀太后改變心意。平旌在和飛盞談論過荀輔大人的死因後便認定陛下會有危險，因此他決定要和飛盞一同回京護衛陛下。岳銀川將軍得知元啟準備起兵叛變而向晉大人通報，不過晉大人卻不願意相信岳銀川將軍所說的話。

元啟率兵攻入了金陵城，岳銀川將軍打算要率精銳部隊帶陛下逃離王宮，但自知無法逃離金陵城的陛下決定將天子寶印交給岳銀川將軍來召兵勤王。狄將軍讓荀太后為當年的疫災認罪並且要她自我了斷。平旌深知單憑他和飛盞的力量並無法對抗元啟，於是他決定以長林之名來起兵勤王。

元啟安排好所有一切後準備要讓元時將皇位禪讓給他，但就當元啟準備要接下聖旨的同時，平旌率領的部隊抵達了金陵城外。雖然平旌答應元啟給他三天時間考慮用何種條件交換釋放元時，但於此同時元啟卻知道這只是平旌想要救出元時的一個計謀。平旌和飛盞兩人打算要闖入王宮救出陛下，但元啟卻早已設下了重重防備。

狄將軍擔心元啟會和平旌以條件交換的方式釋放元時，因此他決定提早將元時滅口來改變大梁的未來。元啟打算要和飛盞單獨對戰，身為琅琊高手的飛盞在一開始占盡上風，沒想到元啟卻突然使出了特別的劍法來逆轉了情勢。收到城內傳來的信號後，岳銀川率領大軍準備攻入金陵城。

平旌率領大軍攻入了王宮之中，元啟眼看大勢已去而向平旌提出了兩人單獨一戰的請求，雖然眾人皆要平旌拒絕元啟，不過平旌依舊答應與元啟一戰。飛盞在濟風堂的救治之下而恢復了意識，他急忙要譚將軍向平旌告知不可輕忽元啟的武功。