藍澤耕作、白石惠、緋山美帆子和藤川一男，到翔北急診中心工作已經過了一年多的時間，他們依舊朝著直升機醫生的目標努力。黑田醫生離開醫院後，田所部長請來另一位叫橘啓輔的醫生擔任指導醫生，目的是為了考核實習醫生是否能夠畢業。就在此時，急診中心收到摩托車撞到婦人的意外的消息，藍澤、冴島和橘搭乘急救直升機趕往現場，將受傷的婦人送到直升機上時，藍澤發現路邊有一雙童鞋感到不對勁，原來婦人的兒子受到衝撞，掉進了河川裡，孩子早已失去生命跡象，藍澤立刻施行急救並把孩子送回翔北。急診室裡的實習醫生拚命想讓孩子恢復心跳，但始終沒有辦法，最後藍澤決定切開胸部直接浸泡到溫水浴缸裡，藉此恢復體溫，體溫順利恢復後施行心肺復甦，孩子總算恢復心跳，但卻成了植物人。

藍澤的奶奶絹江在翔北住院接受治療，他從訪客名單裡發現有一個叫山田一郎人頻繁地來拜訪奶奶，詢問奶奶後，奶奶卻說不認識這個人，使藍澤起了疑心。隨後藍澤詢問經常出入病房的藤川，只發現山田一郎是個假名，沒有得到更多的線索。緋山自從火車脫軌意外受傷後，一直有心臟方面的問題，白石無意中發現後，開始擔心緋山的身體狀況，不斷催她去心臟外科就診，但緋山擔心自己的飛行次數趕不上其他人，拒絕接受治療，兩人還因此吵了起來。另一方面，冴島的戀人田澤悟史也住院了，因為簽署了放棄急救同意書，所以冴島只能眼睜睜看著他走向死亡。救護車不斷送來病人，藍澤等人在橘醫生的指示下，開始為病人治療。隔天，藤川和橘搭乘直升機來到出事的工地現場，有兩名工人受傷，藤川負責的傷者最終搶救無效死亡，讓藤川非常難過。

藍澤很在意經常來探望奶奶的山田一郎，但不管怎麼問總是得不到答覆。另一方面，緋山的心臟就像顆不定時炸彈，最後她還是去心臟外科就診，醫生給了她手術同意書，要她選擇是否要動手術，緋山猶豫不決。直升機接到通報趕往一個車站，那裡發生推擠意外，導致三名大學生被滑雪板刺穿在一起，其中一人撞到頭部，所以腦外科的西條醫生也來到現場。必須把滑雪板切斷才能夠將三人送醫，但最上層的松井股動脈被刺穿，只要一動就有失血過多喪命的可能。最後他決定犧牲自己救心愛的女孩，藍澤等人將滑雪板切斷後，立刻施予急救，但松井依然不治身亡。另一邊，白石接手的傷患本身有先天性心臟病，心臟沒辦法自己恢復跳動，家屬卻苦苦哀求她別放棄，最後白石因為自責在回程的電車上哭出來，同樣沒救活病人的藍澤默默陪在她身邊。

藍澤來探望奶奶時碰巧遇到一個男人，他就是自稱山田一郎，實際上是藍澤應該已經死了的父親。另一方面緋山接受了心導管手術，恢復得很順利，整個人又生龍活虎，反觀白石因為黑田醫生當初的告誡，不停地努力工作，顯得有點疲憊，冴島也因為戀人的事感到非常痛苦。直升機出動去搶救一名被招牌砸重的女病人，她沒有病史也無大礙，本來以為可以安心，沒想到她卻懷有身孕。另一邊，緋山正在幫一位白石診斷為食物中毒的病人重新看診，發現他根本不是食物中毒，而是長了主動脈瘤，隨時有可能破裂喪命，病人家屬對白石的誤診非常生氣，白石也很自責，田所部長認為她實在太拚命，要她暫時休息一陣子。

藍澤很想知道父親為什麼沒有死，還有母親到底是怎麼死的，可是奶奶始終不肯告訴他，只說那是一場意外，要他別想太多。另一方面，冴島的戀人田澤已經到了臨終的時候，轉移到個人病房，親朋好友都相繼前來慰問，所以人都留守他身邊，此時冴島卻接到直升機要出動的通知，身為護士她決定以工作為優先，等她回來的時候，田澤已經走了。因為田澤的疾病按國家規定須接受病理解剖，讓白石非常苦惱該怎麼跟他的父母開口，藍澤告訴她如果換成自己得了罕見疾病，身為醫生死後也會希望被解剖，要白石好好面對這件事。冴島因為失去了戀人，感到人生無望，讓大家都非常擔心，田澤喪禮當天，白石和緋山都出席了，冴島在田澤媽媽的鼓勵下，道出自己對他的思念，白石和緋山告訴冴島，她是不可或缺的存在。

藍澤去找自己的父親誠次，希望問出母親到底是意外還是自殺，但誠次也告訴他母親是死於意外，藍澤認為奶奶和父親都在騙自己。另一邊，緋山正在幫一位男童野上翼進行腦死的診斷，最終判定為腦死，讓他的母親直美完全無法接受。最後在緋山的勸說之下，直美決定放手讓兒子離開，最後想抱抱自己的兒子，緋山很同情直美，因此在沒有簽屬放棄急救同意書的情況下就拔掉人工呼吸器，讓直美可以擁抱孩子，事後卻因為這件事惹來大麻煩。白石和藍澤給癌症末期的內藤妙子做檢查，她不想讓正在忙著考大學的兒子擔心自己，堅持不肯透露病情，但她兒子早就猜到事情不單純，但沒想到母親就快要死了。白石的父親要求她畢業後去東都大學的心血管科，讓白石很生氣，後來才知道父親也是癌症末期，所以才會這麼著急，讓她大受打擊。

實習醫生們來到以前的病人開的小酒吧，白石因為父親的事喝得酩酊大醉，藍澤也因為知道母親其實是因為懷了自己才自殺，默默地喝悶酒。第二天直升機要去救登山被落石擊中的夫婦，緋山正打算出勤時，卻被一位男性叫住，對方是小翼的舅舅，對緋山在沒有簽屬同意書的情況下就拔掉呼吸器感到非常不滿，直呼她是殺人兇手，並打算對她提起告訴。藍澤和白石接手趕去現場，他們來到山中小屋，發現病人出血量過大，而且肺部損傷很嚴重，必須立刻止血，但冴島卻忘了帶血管鉗，在森本醫生的指示下，藍澤和白石改用肺門扭轉止血術，成功止住血流將病人送往醫院。而緋山因為闖下大禍，被醫院下達了停職處分。

藍澤把自己與父親見面後得知母親自殺原委的事告訴了白石，而白石也打算休假回老家探望父親。冴島還在為戀人的事情傷心，此時有一位女兒意外過世的母親天天都來醫院找女兒，藤川提醒對方女兒已經過世的事，請她不要再來，冴島後來又遇到這位母親，卻不知道該跟她說什麼才好。醫院接到大量過敏性休克的病人，發現他們都來自同一所高中，讓所有人都覺得很奇怪，最後發現是食物中毒引起的過敏性休克，在過去也有過案例，只是很少見。另一方面，緋山正在與直美哥哥請來的律師開說明會，對方一直逼問緋山為什麼不讓家屬簽屬放棄急救同意書，看不下去的橘醫生和田所部長要求緋山實話實說，緋山終於把心中的想法說了出來，眾人才恍然大悟。

田所部長在辦公室裡昏倒，經過檢查發現長了腦腫瘤，並嚴重壓迫到腦幹，只能動手術切除，但手術的難度非常高。而實習醫生們則開始煩惱未來的出路，緋山雖然被撤銷了告訴，但她也知道自己不可能順利畢業。經歷過小翼的事情後，緋山開始害怕治療病人，失去了從前的自信，搭乘直升機去治療病人時，甚至不幸割傷自己的手。藍澤在門診接到一位騎摩托車摔車的女病人青山，對方的小腿受傷後罹患腔室症候群，藍澤趕緊安排她動手術，避免了截肢的危機，此時冴島告訴藍澤，青山說話有點不太對勁，藍澤發現對方沒有意外發生時的記憶，安排腦部檢查後，確診為腦腫瘤，手術後留下右半身麻痺的後遺症，原本決定與兒子一起生活的青山，為了不連累兒子，決定不和他一起生活。

實習醫生們的實習快要結束了，田所部長的手術日期也快到了，黑田特地來醫院探望他，白石的父親博文也從青森遠道而來，本來打算和父親一起吃午餐的白石，為了治療病人所以取消了約定，讓父親感到有點失落，最後兩人沒見到面就回去了。此時急診室接到飛機失事，請求直升機出動的通知，白石發現出事的飛機正是自己父親搭乘的航班，不知道該如何是好。率先趕到現場三井和藤川被帶到暫時收容傷患的體育館，目睹眼前的慘狀，兩人決定先做檢傷分類，再交給後到的醫生治療。藍澤和白石以及緋山等人先後抵達現場，緋山依舊對病人有心理陰影，而白石也因為擔心父親，沒辦法專心工作，最後發現父親在事故現場幫人看病，才鬆了一口氣。同一時間醫院正在替田所部長動手術，因為無法控制出血，最後採取深低溫停循環手術，在心臟停擺的情況下繼續進行。

藍澤想幫受傷的乘客北村治療，但丟下兒子自己逃出來的北村卻拒絕接受，藍澤注意到登機證上的座位號碼，在那裡找到了他的兒子，兒子被夾在飛機當中，腳已經被夾爛，藍澤為了保住他的性命進行了截肢。緋山負責一位叫翔太的男童，男童呼吸困難且血氧飽和度一直下降，經過超音波檢查後才知道是橫膈膜破裂，導致下方的腸胃器官移動上方，擠壓到肺臟，必須立刻開刀，緋山遲遲不敢下手，在病人母親的勸說之下終於鼓起勇氣開刀，成功將器官復位，救了翔太的性命。白石和父親聯手治療一位還留在飛機殘骸裡的老先生中越，她的女兒一直守在身旁，白石處理好傷勢後把中越搬到體育館，準備離開時卻因為心跳過快發生休克，進行開胸止血後保住了性命，藤川負責的病人細井，是曾經一起經歷過火車脫軌意外的消防人員，他在失事現場搶救時脖子被刺傷，送醫途中不治身亡。而醫院方面，田所部長的手術也順利完成，術後恢復情況良好。除了緋山之外，白石、藤川和藍澤都拿到直升機醫生的證書順利畢業，並留在醫院繼續工作。