《第9號房》講述一個坐了三十四年牢獄的死刑犯，與知名法律事務所的律師靈魂交換後，揭開當年殺人案真相的故事。
第1集
勝率100%的律師，乙支海伊成為了34年來以死刑犯身分活著的張華娑的減刑委員會成員。乙支海伊為了討好集團會長奇山，故意言語激怒張華娑，使張華娑無法減刑。
一次因同事聚餐時酒駕問題，乙支海伊被迫必須進行30小時義工活動，輾轉成了張華娑再審申請的援助律師，但乙支海伊並不想幫忙，因為她對張華娑懷有怨恨。一天，乙支海伊又為了義工活動，和張華娑在九號房進行會面，張華娑卻突然心臟病發…
第2集
交換了身體的海伊與華娑，過著截然不同的日子。重獲新生的華娑，終於獲得自由而享受著生活；但海伊卻被關進了監獄，痛苦不已。海伊不停在監獄中主張自己是海伊，卻沒人相信，反而要被移送去公州的精神病院監禁…
第3集
華娑跟海伊交換靈魂後，見到了奇山會長，發現奇山會長是自己過去的情人秋榮培而感到不解；透過海伊的父親乙支成得知，秋榮培似乎和各方勾結，改變了自己的身分，並過著愜意的生活。在監獄裡的海伊，則透過美蘭，轉移了華娑的母親，逼迫華娑與自己見面；並故意讓華娑吃下會過敏的桃子吐司…
第4集
海伊沒能成功換回自己的身體，原想說服有鎮相信自己，但有鎮不願意聽海伊解釋。奇山(秋榮培)發現賢哲有貳心，於是警告了賢哲。華娑下定決心，要透過奇燦星的案件，讓秋榮培脫下奇山的面具，回到一無所有的秋榮培。在獄中的海伊想起了賢哲，想透過賢哲來拆穿華娑的身分；收到海伊信件的賢哲，用英文試探華娑…
第5集
馬賢哲發現了海伊和張華娑互換了身體的事，想把這個情報賣給奇山以保住自己的小命，沒想到反而差點被奇山殺掉。有鎮為了查出自己的親生母親是誰，不斷聯繫賢哲，華娑則想說服賢哲和自己聯手，對付奇山。華娑在和賢哲交談中，得知差點殺了自已母親的人就是賢哲，憤怒之下失手拿酒瓶打死了賢哲…
第6集
張華娑透過奇山的幫助逃離了案發現場，交換條件是一定要讓奇燦星的案件勝訴。為了這個目的，華娑不得不尋求海伊的幫助。另一方面，奉森透過在現場撿到的毛巾，開始懷疑起了殺害馬賢哲的人，是華娑…
第7集
華娑查出了奇燦星案件與其他案件之間的關聯，想找出真正的奇山的下落；另一方面，奉森不肯放棄追查馬賢哲的死亡，終於被調回重案組。有鎮在其他受刑人的請託下，幫忙檢查了華娑的身體，發現華娑的身體有異…
第8集
有鎮終於認出了海伊，並答應海伊找回身體。奉森調查到馬賢哲養的狗，在馬賢哲死前曾被人殺害。有鎮求華娑把身體還給海伊，華娑答應之後，隔天卻沒去赴約，因為華娑發現自己並不想把身體還給海伊；海伊早就料到華娑有可能不想交還身體，於是派人強行綁架華娑…
第9集
海伊換回了自己的身體，但卻瞞著有鎮及其他人。並為了保護自己，把證據轉交給了奇山。華娑醒來後，聯絡姜教授，請姜教授協助自己出獄，並設法找回了被刪除的證據影片，交給了奉森…
第10集
因華娑提供的證據，燦星被當庭收押。海伊告訴奇山，這一切都是華娑所為，憤怒的奇山雖然想殺了躲在旅館的華娑，華娑卻被有鎮給救了回來。有鎮為了打聽更多有關自己母親的消息，請海伊收留了華娑…
第11集
海伊因為涉嫌殺害馬賢哲，被奉森帶回警局。海伊懇求奇山饒恕自己，奇山卻不為所動；海伊只好找來華娑及奉森幫忙，想辦法自救。在奉森的幫助下，查到馬賢哲很有可能是死於河豚毒素，並發現，殺害馬賢哲的兇手，可能是燦星…
第12集
有鎮委託海伊當張華娑再審申請，以及奇山身分確認的辯護律師。奇燦星為了躲避警方的追捕，開車衝撞警車發生車禍，導致下半身癱瘓，昏迷不醒。秋榮培為了阻止有鎮的行動，威脅海伊，海伊最後屈服於秋榮培的威脅之下，交出了證據…
第13集
華娑和有鎮發現海伊又回去投靠奇山，大受打擊。海伊怕奇山傷害有鎮，勸有鎮和奇山和解，有鎮不能接受，把和海伊的情侶戒丟進了垃圾桶。奇山為了挽救癱瘓的燦星，找海伊打聽交換身體的方式；又得知燦星非常憧憬有鎮，決定讓燦星和有鎮交換身體…
第14集
海伊發現奇山(秋榮培)想交換有鎮與燦星，在華娑與美蘭的幫助下，順利地阻止了交換。有鎮與燦星交換過程中，仕達意外觸電，造成了腦損傷，智力退化成幼童。華娑告訴奉森，奇山的真實身分，其實是秋榮培，並拜託奉森，查出奇山其他的罪行。有鎮透過醫院的監視器，得知是海伊救了自己…
第15集
有鎮發現海伊在醫院救了自己的事，原諒了海伊。華娑找到當年救援隊長的遺孀，拿到了可供比對的錄音資料。奇山(秋榮培)為了阻止華娑跟有鎮提起訴訟，決定派人殺了華娑跟海伊，卻被及時趕到的有鎮及奉森毀了計畫。燦星在醫院試圖自殺失敗。華娑成功申請再審…
第16集
眼看海伊和華娑就要勝訴，心急的奇山(秋榮培)決定加快腳步，綁架了有鎮想讓有鎮和燦星交換身體。幸好奉森及時趕到，救出了有鎮。華娑獲判無罪後，重回到當年和秋榮培約定好要見面的南山，在海伊的懷裡離世。塵埃落定之後，海伊決定去江教授的律師事務所上班，專門幫助有困難的人們申請再審。