南北朝梁陳年間，江湖動亂，「南刀」李徵在蜀中建立門派四十八寨，收留落魄的武林人士，並從此避世而居。但隨著李徵病故，江湖名門也相繼敗落。
多年後，一位自稱謝允的少年夜闖四十八寨意外救下了李徵的外孫女周翡，兩人從此結下不解之緣。 半年後，周翡和謝允再次在霍家堡相遇，卻遭到七煞山莊兩位高手的追殺，兩人因此捲入一場江湖的陰謀浩劫中。 周翡受江湖前輩指點，始終磨礪自己的刀法、並憑著一股「狹路相逢勇者勝」的勇敢殺七煞、平叛亂、擒敵王、救流民；而謝允自始至終陪伴在周翡身邊，為她指點進退，二人攜手共進，生死不棄，一起平息了這場江湖動亂。以周翡謝允為代表的一輩江湖新秀們從此成長為真正的「有匪君子」，周翡也終成一代「南刀」少女宗師！

「南刀」李徵為庇護戰亂中的無辜老幼，在湖湘地界建起一座山寨，由江湖四十八個門派結成。經過多年，四十八寨已經人才濟濟，一派繁榮的景象。
洗墨江邊來了一群黑衣人，妄圖闖江進入四十八寨，鎮守江心亭的魚老開啟江中的機關牽機陣，將賊人絞殺。一人利用超高的輕功過江， 魚老放出寨裡的哨箭。
四十八寨演武場，大當家李瑾容的女兒周翡與她的表哥李晟比試。此時眾人聽到魚老的哨箭聲，知道寨子裡進了賊人。周翡在禁林邊緣看到黑衣人，黑衣人謝允說自己叫謝霉霉。李瑾容責罰周翡，周翡回憶起十年前地煞的叛亂， 最後舅舅李瑾鋒為救自己而死。

周翡向父親哭訴自己的委屈，覺得母親太過偏心，李瑾容聽到不禁訝然。地煞山莊大莊主沈天庶得知謝允已進入四十八寨，料到周以棠一定會下山，遂派武曲童天仰前往刺殺。
謝允發現周翡被責罰前來送傷藥，告知是替安平軍王麟，送信請周以棠出山。李晟獨自上思過齋，卻發現守衛森嚴，看到姑父的抱負和心懷天下的仁者之義。謝允跟蹤周翡找到周以棠所在，並在門外吹響安平曲。周以棠答應謝允隨他下山。
山門一開，聞煜已經在門外等候多時。周翡醒來想要攔下父親，周以棠讓聞煜攔住，並傳授她強者之道。周以棠一行下山後，遇到早已埋伏的地煞童天仰。

半年後，臥底在敵國的吳費將軍暴露，其女兒吳楚楚帶著弟弟逃亡，李瑾容派張晨飛接應。張晨飛接到楚楚後遭到地煞仇天晉追殺，被路過的謝允所救。
洗墨江牽機全開，周翡已經能夠在牽機陣裡來去自如。
摘花台考校開始，李晟率先挑戰，摘到十五張窗花，獲得滿堂喝彩。周翡選擇母女對決，周翡從李瑾容的招式中頓悟破雪刀的刀法。周翡、李晟隨王老夫人下山，沿途尋找前去接應吳楚楚一行的晨飛師兄。李瑾容傳授周翡破雪刀，告訴她要相信手中的刀無堅不摧。
周翡來到江心亭跟魚老告別。魚老講述鳴風一脈與周翡外祖父李徵的淵源，讓周翡明白俠者之道。

謝允發現霍家堡的人不對勁，一路跟隨。霍家弟子將張晨飛一行帶入霍家堡的黑牢，謝允趁機潛入，發現霍家堡二堡主霍連濤把不服從自己的武林人士關起來。
周翡、李晟隨著王老夫人行至一處小村落，因天色漸晚，決定留宿。正在此時，賊人來村對周翡動手，周翡格擋之時將一人殺死，久久不能平復。王老夫人點撥周翡，今天她用刀救人，是正確的事。
半夜三更，李晟趁著大家睡著，獨自策馬闖蕩。李晟的馬被霍家堡弟子牽回黑牢，恰好被路過的周翡一路尾隨。守門的弟子發現周翡，周翡掉入黑牢，隔壁的謝允聽到動靜，借著牆壁上的小窟窿攀談，認出對方。

周翡得知晨飛一行也被關在黑牢時，決定潛入。謝允打算留下來救人，但沒有告訴周翡。周翡被咳嗽聲吸引，那竟是一個瘦弱的老伯，周翡一股惻隱之心，把懷裡的餅給他。老伯不可思議的接過，告知今夜有風險，讓她快逃。
此時，地煞山莊的人闖進來。謝允找到解藥，發現木小喬房間埋的火油，解救牢房眾人。謝允讓周翡趕緊離開，周翡表示母親的交代比性命重要，謝允被誠信和勇氣所感動。
周翡與霍家堡弟子纏鬥，老者開口指點她，謝允認出他是沖霄道長。眾人準備離開之時，木小喬的《哭妝》響起，木小喬已經趕到。周翡認出送大餅的老伯，就是沈天庶。

周翡、謝允將眾人救出黑牢，在附近的樹林稍作休息，後與木小喬遭遇，正當劍拔弩張之際，謝允看出木小喬是個戲痴，假意說他理解的《哭妝》不對。通過黑牢一役，謝允也意識到自己身邊這位看起來瘦弱的小姑娘其實隱藏著堅定的意志，而周翡也恍惚在謝允身上看到自己父親的影子。
眾人前往華容客舍落腳，這裡原來是四十八寨的一處暗樁。楚楚遇到一個肥頭大耳的無賴調戲，竟是華容縣令的兒子，對周翡出言不遜。臨走前，他約周翡見面。周翡趕到酒坊，微醺間，周翡看著眼前拐她爹下山的人，她問謝允究竟是誰，跟王麟是什麼關係，謝允一瞬間慌了神。

謝允將周翡背回客舍，看到她脖子間的小木刀，會心一笑。第二天，謝允到鐵匠鋪給她買刀。吳楚楚身體不舒服，周翡帶她出去找醫者。突然，頭上一隻老鷹飛過，謝允聽聞地煞山莊的三莊主仇天晉好鷹。周翡和楚楚趕回，發現客舍已經被燒，客舍外面圍滿了地煞的人，仇天晉亮出俞聞止地令牌，縣令只得聽命於他。
周翡和楚楚商議逃脫追捕，楚楚提出最安全的地方是縣衙的後院，二人成功翻牆潛入。周翡和楚楚逃進一間小破房內，被門外的聲音吵醒。此院的主人是縣令那不受寵的小妾，隨身帶了個侍女宋大娘，這位小妾正是名震天下的「關西枯榮手」段九娘。

謝允跟著白先生出去探查情況，沈天庶和仇天晉在縣衙門口架起一座高臺，綁著張晨飛。謝允意欲救晨飛。周翡也想要救人，被段九娘攔下，兩人隨即過了幾招。段九娘認出周翡的破雪刀，大喜，自稱是周翡的外祖母，周翡急火攻心暈過去。
白先生知沈天庶佈局，不忍晨飛受此折磨，不得已結束了晨飛的命。白先生將謝允拉出人群，謝允料定周翡不救張晨飛是她凶多吉少。
縣衙後院裡，周翡轉醒，她夢到謝允，擔心他的安危，楚楚告訴她客舍被燒那天看到謝允一早出去，周翡才放下心來。宋大娘跟他們講段九娘的遭遇。當年段九娘不敵地煞的圍攻，為李徵所救。

段九娘對李徵一見傾心。段九娘鼓起勇氣向李徵表達愛意，李徵表示不想浪費段九娘的時間，拒絕了她。周翡第一次從山下人的嘴裡，聽到自己外翁的故事。
段九娘表示周翡的破雪刀不如李徵，不如跟自己練枯榮手，點了她的穴將枯榮真氣傳輸到她體內，周翡驚慌不已。受了枯榮真氣的周翡陷入半昏半醒，昏迷間仿佛聽到謝允笛聲。民宅的謝允恰好在吹笛，白先生彙報祿犬的人還在找人，謝允推斷周翡和楚楚還安全。
李晟和王老夫人跟童天仰一行遇見，李晟通過腰牌認出是當年殺害父親的凶手，兩人纏鬥，李晟不敵童天仰，被打倒在地，王老夫人及時趕到救下。

老夫人不敵被殺害，李晟被沖霄子所救。段九娘將周翡體內的兩股內力封印住，周翡從昏迷中轉醒。段九娘告訴她要廢掉之前內力，這樣就能成功轉入枯榮手門下。周翡大怒，兩人爭執，段九娘將周翡打暈。周翡醒來摸到《道德經》，發現藏著齊門的心法和蜉蝣步法，開始按書調息。
霍家堡裡，霍長風時而清醒時而痴傻，霍連濤哄騙交出霍家的至寶慎獨印。霍長風勸他不要打主意，警告可能引來殺身之禍。謝允讓白先生假冒楚楚引起仇天晉的騷動。祝縣令提醒了仇天晉他還有縣衙後院沒有搜。此時仇天晉手下來報說有人在街上看到吳楚楚，仇天晉急忙走出去。

周翡未到達城門口便遭遇一小部分地煞，此時周翡真氣亂竄，謝允把周翡扶到小角落裡讓她療傷，段九娘留下斷後。謝允把楚楚交給白先生先護送出城，周翡讓楚楚把鎖給她保管。仇天晉追來，周翡還在運功療傷，段九娘上前拖住。謝允替周翡抵擋逐漸不支，周翡蘇醒跟段九娘匯合，仇天晉使用毒水，為救大家周翡怒殺。
段九娘和沈天庶相互認出對方，纏鬥在一起。周翡昏迷中受外公指點，跟謝允一起把楚楚和白先生救下來。周翡和謝允讓段九娘跟自己一起走，段九娘她點周翡的穴道，讓謝允先把她帶走。段九娘不敵沈天庶被殺，臨死前，仿佛看到李徵來接她。

謝允為安撫周翡擔憂的情緒，一早就帶她下樓吃飯。兩人聽到隔壁桌的客人在討論華容城縣令小妾被地煞所殺。
周翡傷心落淚，謝允用早上買的糖安慰她。外面一夥人闖進，來人青龍主座下的九龍叟和一個年輕人。那年輕人一來就囂張跋扈的問掌櫃要人，又硬闖進後廚搜人，搜不到就要對掌櫃動手，周翡飛出一根筷子救下掌櫃。那年輕人竟是「雙刀一劍枯榮手」的山川劍殷聞嵐之子殷沛，他要找的人也是傳說中的「北刀」傳人紀雲沉。後廚響起一句住手，紀雲沉走出來，表示願意跟殷沛走。想要動手時，掌櫃用掌力將殷沛攔下來，謝允認出他是芙蓉神掌花正隆。

謝允真實身份是前朝皇帝。二十五年前，前朝武將和敵國勾結，圍困皇宮，謝允剛出生，被宦官送往蓬萊島。前朝忠心將領王麟找到謝允，擁立他為帝。謝允厭煩皇權爭鬥，便掛印遊走江湖。聞煜是已故的王麟將軍手下，請求謝允回去主持大局，被謝允婉拒。周翡聽謝允的身世，被路過的謝允聽見，知道周翡對他的身份毫不在意，對這姑娘又喜歡了幾分。
青龍主帶著眾教徒趕到，看到周翡和楚楚兩位姑娘，一時色心大起。沖霄子在迷蹤林裡教會了李晟齊門的八卦陣法和齊門心法。紀雲沉開啟客舍的地道機關，花正隆為救大家，決定犧牲自己斷後，毀掉地道機關。

殷沛講述在青龍主座下狗一樣的生活，紀雲沉更加內疚。紀雲沉剛從北刀關鋒學成「斷水纏絲」絕學，來到殷家莊給殷聞嵐下戰書，殷聞嵐果斷拒絕。青龍主趁殷聞嵐跟紀雲沉比武之際，滅殷家滿門。紀雲沉收養殷沛，自廢武功以贖罪。為拿回殷家密寶山川劍鞘，殷沛隱姓埋名加入青龍主座下。
周翡一行到衡山腳下，真當分道揚鑣時，周圍響起敲鑼聲，青龍主的人就找到這裡！謝允放出哨箭，用自己前朝皇帝的身份嚇退青龍主。謝允推斷殷沛這麼多年就是想奪回自家的東西。他借著三春客舍事件除掉九龍叟和紀雲沉，逃離青龍主的掌控。殷沛被揭穿，惱羞成怒。

謝允打探青龍主，楚楚則拿起筆在紙上畫著，周翡發現居然是段九娘的枯榮手。楚楚利用自己過目不忘的技能，將自己看到的武功招式畫下來，以便傳給後世。謝允震驚青龍主的速度，想起聽說青龍座下有一路敲鑼人，靠聲音辨別方向，找到也是遲早的事。
紀雲沉跟周翡說，青龍主該殺，如果願意幫他除掉青龍主，可以傳授「斷水纏絲」。謝允想勸周翡放棄打青龍主，不要妄自送命。紀雲沉和周翡繼續文鬥，紀雲沉從招式上點撥周翡，周翡確定自己的破雪刀落在「無常」一式。紀雲沉欣慰，在文鬥過程中教周翡斷水纏絲。此刻青龍主的敲鑼人找到他們藏身山洞。

周翡在與青龍主的打鬥中逐漸不支，原來青龍主身穿從殷家莊搶來的暮雲紗，可以刀槍不入，殷沛看到暮雲紗，怒從中來紀雲沉插好搜魂針，拉開筋疲力盡的謝允和周翡，抵擋青龍主的刀勢。眾人聯手，將青龍主擊殺。紀雲沉受到搜魂針影響，逐漸虛弱，沒有氣息。
沖霄子跟李晟聊起他的武功，李晟想起李瑾容對自己的教誨，沖霄子看出心思，勸慰他不要太內疚，早日回家。李晟在山林間碰到地煞谷天顯及他的巨豹手下，疑惑地煞來衡陽城幹麼。路上遇到一位姑娘，想起姑娘正是李瑾容讓他們找的吳楚楚。谷天顯趕到，李晟假裝獵戶，矇騙谷天顯，救下吳楚楚。

李晟提出可以帶楚楚回四十八寨，讓聞煜去稟明周以棠、谷天顯的去向，以免衡陽城百姓遭殃。謝允帶著周翡來到衡陽城，向客舍小二打聽最近是否有戲班。原來羽衣班表面是戲班子，實際上是江湖四大刺客組織之一。謝允之前扮過千歲憂，一路跟著靈雨、凌波找到羽衣班的藏身之處。沈天庶成功找到羽衣班夫人所在地。
謝允背著周翡來到樵雲居，霓裳夫人一聽她是李徵的外孫女，隨即答應救她。周翡自己暗自走掉，在半路暈過去，霓裳夫人趕到救下她，此時門外響起沈天庶的聲音。原來沈天庶那日看出周翡是練岔內力，城內只有霓裳夫人能救，一定會去找她。

沈天庶就等霓裳救完周翡，身體抱恙之時，前來問她海天一色之事，霓裳表示自己對此事真的不知情。第二日下午，周翡轉醒，身體已恢復大半，謝允帶她出去吃飯，茶樓裡老人家給他們講起南刀後人，一代女俠大殺地煞和青龍主為民除害的故事。謝允在旁邊笑得直不起腰。原來南刀後人的傳言已經傳開，並被說書人添油加醋。
李妍隨馬吉利下山後到衡陽城，來自南疆擎雲溝小藥谷的掌門楊瑾，要跟李妍比武，李妍被嚇暈過去。馬吉利發現李妍許久沒見到，有點擔心。楊瑾把李妍帶回自己的住處，原來他把李妍當成南刀傳人了，不相信眼前的姑娘只有這點武功。

行腳幫衡陽分舵的徐舵主告訴楊瑾，真正的南刀傳人名叫周翡。李妍一聽要徐舵主帶她去見周翡，徐舵主騙說可以讓周翡來見她。徐舵主帶著楊瑾來找南刀姑娘，霓裳夫人不悅。徐舵主掏出李妍的鐲子，周翡眉頭一緊，警告徐舵主不要傷害李妍。楊瑾找周翡比武，周翡拒絕。
李晟找到鎮裡的暗樁，楚楚從暗樁的嘴裡發現這裡的暗樁也叛變！兩人及時逃脫。第二日為賠罪，周翡一早準備酒菜來找謝允，旁敲側擊地打聽小藥谷的武功。謝允聽出她的目的，拂袖而去。周翡無奈，知道謝允好酒，晚上特意去買好酒，在謝允門口擺起小山，想讓謝允給她講小藥谷的功夫。

謝允無奈，只得跟她解釋楊瑾的斷雁刀，本意想說服周翡不要比，誰知周翡鐵了心，不禁擔憂。聽謝允說完，周翡開始在院中琢磨自己，想著怎麼才能讓自己的刀比楊瑾更快。李晟和楚楚逃脫後，兩人途徑小鎮，不料被鎮上的惡霸看到，一起圍攻李晟。李晟不敢暴露自己的武功，用軀體抵擋護著楚楚。兩人情感升溫。
周翡在院子練閉眼禪，謝允在旁被一群羽衣班的姑娘圍著。周翡知道霓裳夫人為救她損耗功力，覺得自己不應該那麼莽撞，想放棄比武。楊瑾帶著李妍第二天來到樵雲居向周翡說明來意，周翡一想這藥可以給霓裳夫人療傷用，便答應楊瑾比武的請求。

周翡和謝允發現羽衣班不見了。屋外響起敲門聲，兩人一開，赫然是馬吉利。馬吉利久尋李妍不得，便派暗樁搜尋，這才找到樵雲居。馬吉利帶眾人回春回鎮。李晟跟著楚楚也回到春回鎮，楚楚換回女裝。
周翡帶著謝允遊春回鎮。眾人在春回鎮休息一晚，李妍看到楊瑾腰間掛著的行腳幫信物五蝠令，硬搶過來送給周翡，說是給周翡比武贏的彩頭，楊瑾有苦說不出。
四十八寨洗墨江江心亭，寇丹來找魚老，說鳴風的弟子在春回鎮，收到封寫給鳴風掌門的信，信件來自俞聞止，說是希望鳴風樓能叛出四十八寨。魚老拒絕並勸誡寇丹，寇丹謀害魚老，鳴風樓正式叛變。

聞煜將軍帶回谷天顯出現在衡陽附近的消息，周以棠陷入擔憂。晚上，謝允帶周翡上屋頂喝酒，講述自己的身世，周翡觸動。謝允帶他到附近的山頂看月亮，周翡發現四十八寨附近的山頭驚鳥四起，覺得不對勁。立刻趕往四十八寨。
谷天顯等在四十八寨外，等寇丹得手。谷天顯開始攻寨，一時哨箭頻發。周翡等人趕到四十八寨山門口，馬吉利提出硬闖不安全，周翡帶眾人走後山小路進寨，發現崗哨弟子已經被殺。馬吉利勸阿翡和李晟帶著大家下山逃跑，眾人拒絕，要一起守衛四十八寨。
周翡和謝允前往長老堂，李晟去檢查崗哨情況，李妍帶著楚楚去往安全之處。

周翡質問寇丹為什麼要叛變，寇丹說是為了「海天一色」，謝允臉色一沉。寇丹告訴周翡她已經把魚老殺了，周翡強忍悲痛。
李晟帶著鄧甄把地煞手下趕出寨門外，重新安排寨門的防守，並一鼓作氣奪回山門。他讓弟子去給周翡回報說自己已經奪回寨門和山門，沈天庶的人被擋在山門外，目的是虛張聲勢。
谷天顯和寇丹撤退後，周翡擔心魚老，她和謝允來到江心亭，發現魚老死後身體還會保持溫熱。周翡回憶起之前魚老撥弄牽機機關的情景，重新開啟了牽機。俞聞止帶著他的私兵來春回鎮，將老弱婦孺關進鎮子裡的宗祠。沈天庶前往迎接俞聞止，地煞如虎添翼。

李晟和周翡商量要把李妍送出去，才編出送信一事要騙李妍下山。李晟和楚楚將寨中的老弱婦孺集中起來安排在居住區，李晟叮囑楚楚小心，楚楚更為李晟擔心，二人情愫暗生。
周翡問馬吉利要一隊精銳弟子，馬吉利勸周翡不要冒險，周翡表示自己心意已決。謝允拿出從紀雲沉撿起的搜魂針陷入沉思。李妍下山遇到地煞弟子被發現，李晟死守山門。
周翡和謝允來到春回鎮俞聞止的住處，發現俞聞止帶著一小隊人馬在門口走著，謝允覺得不大對勁，寨內會有內奸。周翡、謝允兩人決定折中，先去附近的祠堂解救百姓。李晟拼死上前救起鄧甄，沈天庶趁機攻下城門。

俞聞止不禁懷疑起寇丹的叛變是否另有所圖。周翡抓住「俞聞止」竟是谷天顯假扮的，發現中計。周翡故意說了一句「寇掌門，我們中計了。」谷天顯對寇丹疑竇驟升。
周翡回到小巷與謝允會合，謝允負責把谷天顯和他的地煞弟子引開，周翡跟蹤寇丹到了俞聞止的真正住處。周翡破門而入跟寇丹打起來，兩人一路打到了院子裡，俞聞止的私兵和鳴風弟子將周翡圍在中間。行腳幫的人收到消息後帶著楊瑾來幫忙。周翡趁機擒賊先擒王將俞聞止挾持住。謝允眼見四十八寨就要被滅，掏出搜魂針，使出多年沒有使過的推雲掌，一人力戰沈天庶和谷天顯二人。周翡震驚。

四十八寨和行腳幫弟子死傷無數，剩下的人戰至力竭，準備與四十八寨共存亡。李瑾容歸來和沈天庶纏鬥在一起，沈天庶鐵手被李瑾容砍斷，倉皇逃跑。
李瑾容來到周翡房間看望她，周翡坦白在山下遇到沖霄子、段九娘、紀雲沉和霓裳夫人。李瑾容走後，李晟彆彆扭扭地來探望周翡，兩人雖然還跟以前一樣互懟， 但都很掛念對方，兩人彷彿一夕間長大理解彼此。
窗外響起謝允的笛子聲，自從用搜魂針和推雲掌後，自知時日無多，最後看一眼心愛的姑娘。謝允將楚楚的長命鎖歸還給周翡。周翡對他有點戀戀不捨，謝允點了她的昏睡穴，怕自己再聽下去就要捨不得走。

李瑾容讓周翡和楚楚下山採買，兩人在春回鎮的茶舍稍作休息，恰好說書先生在說寒鴉聲，莫名湧起一股擔心。
李晟去找李瑾容跟她說自己在山下遇到沖霄道長，恰逢暗樁傳來消息，霍連濤在廣發英雄帖，邀請武林各門派參加滅煞大會，並把海天一色的水波紋圖案印在請柬上。李晟提出自己可以代替她去，楚楚要求一同前往。
李妍和楊瑾也來到零陵城，楊瑾激動的要找周翡比武，被李妍攔住。眼看興南門眾人難敵這玄武主門人，周翡出手相救。周翡打發完玄武主門人後，跟李妍相認，她向朱晨要請柬確定水波紋的印記。謝允遇到霓裳夫人，霓裳勸他珍惜眼前人。