具有通靈能力的少女小真繼續在她的學校課業與通靈工作中奮鬥。在《通靈少女2》將會看到在去年的悲劇之後，小真如何重新打起精神回到學校。當新的戲劇部社長登場後，小真開始幫忙招募社團新生，但他們的新社員，可愛的菜鳥張宇軒跟講話輕柔的詹曉彤，似乎不如想像中的單純。另一方面，在宮廟中，金老師的家族秘密繼續困擾著他並讓事情複雜化。

悲劇過後，小真努力回歸校園與廟裡的生活，試圖走出失去阿樂的傷痛。她接任話劇社社長，卻面臨社員不足、社團可能被裁撤的危機，只能四處招募新血。此時，金老師久未聯絡的弟弟突然出現，並設立競爭的靈修道場，引發兄弟嫌隙。金老師陷入憤怒與焦慮之際，一家玩具工廠傳出鬧鬼事件。

一家玩具工廠鬧鬼，小真再度運用通靈能力，與金老師攜手面對新的挑戰。話劇社迎來兩位新社員，活潑的新生張宇軒明顯對小真有好感，而文靜的詹小彤則為社團帶來許多創意點子，甚至提出吸引更多社員的巧妙方法。另一方面，一名喪父的前來尋求小真的協助，希望能和亡父再說最後一句話。廟裡則因金老師與失聯多年的弟弟意外重逢而掀起波瀾，兩人一言不合竟開始較勁，金老師更衝動地立下賭約，恐讓廟產陷入危機。

小真與宇軒的關係逐漸升溫，但她仍猶豫是否已準備好走出過去。宮廟裡，一對老夫婦帶著「被附身」的兒子求助，小真察覺事情並非靈體作祟，而是更深層的家庭問題。另一方面，話劇社找到理想的取景地點準備拍片，卻在開拍後接連遭遇詭異事件。

意外一一發生，小真及時趕到，保護社團成員並解開背後真相，小真因為與宇軒之間日漸加深的情感而心神不寧，無暇全心投入話劇社。就在她分身乏術時，新加入的社員曉彤主動承擔起更多任務，展現出意外的積極與能力。另一方面，金老師為了贏過弟弟、守住廟產，開始不斷給小真壓力，要求她協助各種超自然個案。

小真面對社團與宮廟的雙重責任，因此壓力很大。一名長期到宮廟求助的信徒突然吐露驚人真相，讓小真震驚又動搖，她陷入情緒與信念的拉扯中，難以消化這份沉重的秘密。就在此時，宇軒溫柔地伸出援手，陪伴她走過低潮。另一方面，曉彤在校園中逐漸成為眾人焦點，人氣攀升，卻在一次意外中撞見小真極力隱藏的通靈能力。

面對友誼與秘密即將曝光，小真的處境愈發複雜。小真的媽媽突然返家，毫無預警的出現讓小真與金老師瞬間緊張不已，因為她從不知小真課後其實在宮廟擔任通靈代辦，協助處理大小事務。為了不讓媽媽擔心，小真只能謹慎隱瞞，壓力倍增。同時，曉彤在話劇社表現亮眼，迅速成為社團新星，也成為全校最受矚目的風雲人物，光芒逐漸蓋過小真。

小真面對家庭與校園的雙重壓力，越來越難保持原本的平衡。湯老師的宮廟因曉彤的高人氣而聲勢大盛，讓金老師的宮廟備受威脅，香火冷清的落差讓他倍感壓力。此時，小真的媽媽因擔心女兒的狀況，與金老師爆發激烈爭吵，小真夾在中間進退兩難。

金老師開始留意到宇軒的行為有些異常，舉止似乎不太對勁，讓他心生疑慮。隨著宮廟競爭升溫、家庭衝突加劇，小真面臨前所未有的混亂局面。小真終於迎來難得的喘息時刻，暫時放下繁重的仙姑職責，想讓自己好好休息。

身邊親近的人突然向她求助，讓她陷入兩難：是繼續休息，還是再度挺身而出？校園裡，曉彤的行為愈發詭異，讓同學們開始感到不安。與此同時，金老師試圖化解與弟弟間長久以來的競爭，希望能重新修補關係。隨著情感與責任逐漸交織，小真再次被推向艱難的抉擇。