西元1735年乾隆（霍建華飾）即位，與他少年相知的側福晉如懿（周迅飾）也依禮進宮為妃。從此，二人在宮廷裡演繹了一段從恩愛相知到迷失破滅的婚姻歷程。新帝登基，如懿因與乾隆青梅竹馬的情分成為嫻妃，由此受到眾人排擠，而太后（鄔君梅飾）又與如懿家族有世仇，如懿危機四伏。此時，乾隆也同樣面對太后掌權和老臣把持朝政的難題。權力更迭過程中，乾隆與如懿互相扶持，共同渡過難關，直到二人掃清障礙。乾隆經過多年努力也如願將如懿推到皇后位置，與她共有天下。然而做了皇后的如懿卻發現，乾隆已從少年夫君成長為成熟帝王，他的多疑善變以及帝王自私不斷顯露，兩人間的情意信任漸漸破滅。但如懿依舊堅守美好回憶，恪守皇后職責，直到去世。

雍正年間，四阿哥弘曆和皇后烏拉那拉氏的侄女烏拉那拉.青櫻青梅竹馬，友情甚篤，二人各自被安排婚嫁之事，也讓二人開始面對和意識到彼此的感情。選秀當日，各秀女一一出列行禮，唯獨不見青櫻，弘曆在養母熹貴妃鈕祜祿氏的催促下，磨磨蹭蹭走到熹貴妃屬意秀女富察琅嬅面前，這時青櫻姍姍來遲，弘曆大喜，把如意塞進青櫻手中。青櫻被選為嫡福晉。 同時在養心殿，雍正因三阿哥與其養母烏拉那拉氏結黨營私，大發雷霆後將弘時逐出宗室，將皇后禁足景仁宮，並到絳雪軒否了弘曆親事，將青櫻驅逐出宮。 弘曆不惜以前程犯險，向皇阿瑪表明對青櫻的心意，雍正教導弘曆身在皇家，一切不可能隨心所欲，弘曆領會表示願讓琅嬅做嫡福晉。雍正遂允許青櫻為弘曆側福晉，並封弘曆為寶親王。

弘曆青櫻在城樓相見，青櫻對宮中的險惡風雲感到心慌，弘曆面對面的向青櫻表明了心意，並第一次對青櫻說出“有我在，你放心”，青櫻含淚點頭。大婚日，側福晉青櫻跟格格晞月同時入府，嫡福晉琅嬅送二人一人一隻手鐲，以表妻妾和睦。新婚之夜，弘曆把第一次留給青櫻，高晞月心生妒意，有意依附琅嬅，琅嬅掩飾情緒，立志做個無可挑剔的嫡福晉。雍正駕崩，弘曆承襲大統，年號乾隆；先帝遺言沒有交代如何處置禁足景仁宮的烏拉那拉皇后，引起太后之爭，皇帝一時也很為難，青櫻深感姑母爭鬥之心不休，向皇帝提議讓姑母去行宮頤養天年，太后得知皇帝安排行宮之事，找來青櫻施壓，並給青櫻兩個選擇，要麼姑母死，要麼青櫻死，入夜，青櫻終於去景仁宮最後探望姑母。

青櫻探望姑母，告訴姑母可去行宮安養、死後與先帝合葬的消息，但朝服加身的姑母，同樣收到鈕祜祿氏的毒藥以及姑姪倆只能活一個的威脅。姑母以死保青櫻，臨終前，姑母臨終叮囑青櫻一定要成為皇后延續家族榮光。皇帝得知景仁宮暴斃，甚為意外，青櫻卻作證親眼目睹姑母憂憤暴斃，太后對青櫻的乖覺滿意，青櫻卻告訴太后，只有自己活著，才能時時為太后作證。 琅嬅替皇帝安排內封嬪妃之事，草擬的嬪妃名位幾次被太后駁回，不解之下向太后請教，太后告知青櫻留在潛邸為其姑母守孝三年，變相將青櫻禁足，琅嬅和青櫻都是意外，皇帝得知青櫻被禁足潛邸，大為不滿，卻也無法明說，晞月玉妍等潛邸眾人得意洋洋移宮，譏諷守孝的青櫻怕是一輩子也出不了潛邸。

皇帝暗中跟太后較勁，拖延慈寧宮修葺工期，不請太后移宮，也不為已搬入宮、封了位分的嬪妃們定封號行冊封禮，有意等青櫻；前朝及後宮都不知怎麼辦；而青櫻明白皇帝牽念自己，有意借著皇帝太后之間的僵局，解除自己困局。在海蘭相助之下，青櫻偷溜出潛邸面聖，讓皇帝恭請太后移宮。皇帝依青櫻之言，請太后移宮慈寧宮。太后也撤了對青櫻的變相禁足，許其入宮，也為青櫻更名為“如懿”。
琅嬅、晞月聽說太后放青櫻出潛邸，還為她改名，更是警惕，對幫助青櫻的海蘭也有不滿，晞月請琅嬅將海蘭分在自己的咸福宮，防範如懿和海蘭聯手；而琅嬅則刻意將如懿安排在偏遠破舊的延禧宮，位分也只是嫻妃，低於位次本在如懿後卻已封為貴妃的晞月。

皇帝與如懿感情好卻引得太后不快，提醒皇帝雨露均沾。皇帝不得已暫時冷淡如懿。
轉眼入冬，琅嬅再要求後宮節儉，不用昂貴衣料，冬日炭火分例、擷芳殿伺候皇子公主的奴才也都減半。嬪妃們心有不快，卻也都不敢明說。而皇帝忍不住到延禧宮看望如懿。皇帝讓如懿為自己暫且忍耐，並送如懿“慎贊徽音”四字，說明暗藏的情意，讓王欽安排做成匾額懸掛延禧宮。 內務府見如懿失寵，連分發各宮祛濕的白花丹香包都給延禧宮次等品，海蘭幫如懿重新縫製香包。如懿的侍女惢心在宮中遇到自小青梅竹馬的太醫江與彬，二人相互鼓勵扶持。
皇帝聽南府琵琶伎奏曲解悶，留意到其中彈錯聲音的琵琶伎白蕊姬。匾額的事傳到內務府，總管太監秦立態度大轉彎，趕緊巴結奉承。

阿箬在內務府，提到匾額中皇帝對如懿的情意，皇后故意將消息透露給晞月，晞月向皇帝撒嬌為自己和皇后討匾，正遇皇上在聽南府琵琶演奏，晞月獨奏一曲炫技之後，皇帝最後同意亦賜字做匾給後宮都送；當夜皇帝就納了琵琶伎白蕊姬，並為在孝期納新向太后請罪，太后表示考慮皇家子嗣，不和皇帝計較。
晞月得知海蘭陪如懿禮佛，罰海蘭深冬在戶外縫製經幡，如懿得知晞月剋扣海蘭炭火，從自己的分例裡撥給海蘭位份可用的黑炭。
蕊姬侍寢多日後，才傲慢的向皇后及眾嬪妃請安，而後又在御花園與晞月爭執，被譏諷之下暗中反擊晞月人老珠黃，晞月大怒命人掌嘴，皇后經過制止眾人，並讓同在現場的如懿送蕊姬回宮。

皇后讓素練去太醫院取藥，代替晞月送給蕊姬，蕊姬接了藥請如懿代為鑒定檢查。晞月發現如懿悄悄給海蘭送炭接濟，心生不滿，嘉貴人金玉妍給晞月獻計，以海蘭偷用她的紅蘿炭為由，深夜在咸福宮教訓海蘭，如懿得知火速趕去營救，海蘭在爭辯中昏厥，惢心見事不妙，靠著李玉悄悄通傳了皇帝，皇帝跟皇后立即趕到咸福宮。
晞月向皇帝狀告海蘭偷炭，指責如懿大鬧咸福宮，皇帝卻並未探究，反說如懿接濟海蘭炭火早是自己安排，並囑咐過如懿不得聲張，遂下令把叛主的海蘭宮女香雲亂棍打死，並讓海蘭轉去延禧宮與如懿同住，還讓晞月靜養三月不必伴駕。
阿箬對半路離開咸福宮的惢心不滿，又對晞月氣憤不已，要如懿爭回氣來，阿箬的性情令如懿越發不滿。

蕊姬被晞月掌嘴後，臉傷開始潰爛，皇后面聖說明情況，皇帝派人叫了如懿到養心殿，見了蕊姬的傷情，都覺意外；太醫檢查消腫藥膏後發現裡面添加了有毒的白花丹粉末，蕊姬和皇后都將矛頭指向觸碰過藥膏的如懿，皇后要將如懿送入慎刑司，海蘭拖著病體趕到說明不是如懿所為，因內務府的香包針腳粗糙，海蘭拿去縫補時，發現裡面的白花丹粉全是次品，便用功能相似、成色上好的大血藤粉替換了白花丹。而大血藤無毒，更不可能令人臉上潰爛，海蘭成功為如懿洗清冤屈。
皇帝對皇后輕易懷疑如懿不滿，將白花丹一事交給如懿去查，而王欽對李玉越過自己不滿，罰李玉跪瓦片，如懿撞見後讓李玉來延禧宮，如懿感謝李玉相助，親自替他上藥，李玉也更心向如懿。

皇帝讓蕊姬好好養傷，儘早侍奉，皇帝走後蕊姬得意自己苦肉計成功，原來令其臉上潰爛的白花丹，根本是蕊姬自己所為；而這一切又是蕊姬在其“主子”授意下去做的。
新年來臨，如懿同皇帝皇后以及合宮嬪妃、皇子公主向太后請安，太后與眾皇孫天倫之樂，發現唯獨大阿哥永璜消瘦又得了風寒，太后指責皇后再節省也不能剋扣皇嗣居住的擷芳殿，宮中接連的矛盾被太后歸罪到皇后厲行節儉的政策上，皇帝只好請太后教導皇后後宮事務。
惢心去擷芳殿給三阿哥永璋送點心，路遇衣衫沾了泥灰油漬，又似沒吃飽的大阿哥，便偷偷分了點心給大阿哥吃，剛好被晞月的丫鬟茉心看到，以為如懿有心拉攏，便勸膝下無子的晞月領養大阿哥，母憑子貴，免得如懿占了先機。

如懿生辰，海蘭送如懿親手縫的香包；皇帝親來延禧宮給如懿賀壽，如懿感念皇帝情意同時，藉口請皇帝成全自己一個心願，冒險求皇帝追封生母李金桂為太嬪，葬入先帝妃陵，以慰皇帝心中缺憾，但這是皇家祕辛和皇帝心裡的隱祕傷疤，聽到如懿說出生母名字，皇帝果然動怒，雖奪門而出，卻也不願當夜離開延禧宮，於是去了後殿海蘭處，只是海蘭並未侍寢，皇帝獨自冷靜一夜。
皇帝雖然冷淡如懿，心中卻在意她的提議，拖延數月，還是求太后恩准追封先帝已故卻無名分的嬪妃，太后心知肚明，成全了皇帝，但心中對如懿不滿；而如懿知道皇上終於採納自己提議，彌補了對生母遺憾，甚為歡欣，只是不解皇帝為何仍不來延禧宮。

皇帝決定給永璜另擇養母，永璜選如懿為自己的養母，皇上也以如懿清閑為由，允了永璜跟隨如懿；晞月嫉恨，皇后也深感不安，唯恐如懿收養長子後，威脅到自己的皇后之位和永璉的嫡子之位。內務府秦立見如懿得子復寵，又來巴結，被阿箬狠狠懲治一番。
皇后忌憚如懿和大阿哥在皇帝處盛寵，金玉妍勸皇后把自己的宮女蓮心配給皇帝身邊的大太監王欽，以便隨時瞭解聖意。如懿心疼永璜，對永璜真心實意，永璜改口喚如懿“母親”，如懿動容；皇帝來看望如懿，也向如懿坦然對追封生母之事的心思，二人彼此依靠看著熟睡的永璜，仿如一家三口般恬靜；永璜為尚書房師傅偏心永璉不快，如懿帶永璜在御花園散步寬解，卻聽到園中傳來哭聲。

蓮心給王欽，心中悲苦，暗自落淚，阿箬語出譏諷，如懿教訓阿箬不得取笑蓮心；皇帝到延禧宮用膳，如懿提起王欽蓮心配婚一事，皇帝提點如懿少沾染皇后之事，阿箬介紹菜肴伶牙俐齒，得皇帝誇讚，阿箬倍加得意，伺候如懿也懈怠起來，如懿訓斥幾句，阿箬委屈不快。
蕊姬懷上皇帝登基後的第一胎，皇帝很快晉其為貴人，太后也各種賞賜，叮囑蕊姬好好安胎，後宮諸人則是各有心思；蓮心婚後即刻回來當差，眾嬪妃背後議論起廡房的叫聲又語帶譏笑；如懿海蘭聽不下去，先行離開；蓮心追上如懿送還如懿遺落在長春宮的手帕，阿箬當面卻對蓮心譏諷，如懿喝止不及，被晞月撞見，晞月表示要好好教訓阿箬。

晞月下令掌嘴阿箬，並罰她跪在雨中；如懿求情被晞月以管教不嚴為由，罰抄經書一百遍；晞月收到如懿抄的經文，存心刁難，要如懿黎明前再抄百遍。如懿機巧反擊，又另抄描寫觀潮勝景的《浪淘沙》，皇帝聽惢心述說如懿心憂錢江潮常有人落江殞命抄經，命人將經文供於神龕，晞月這才息事寧人；蕊姬與晞月依舊衝突不斷，蕊姬雖頭暈氣悶，還是努力吃御膳房送的魚蝦，只因有過生育的綠筠在玉妍提點下說起過魚蝦有利胎兒，要生個白胖的貴子給自己爭氣，晞月暗中安排在蕊姬的魚蝦中做手腳，蕊姬孕中不適越發嚴重，但都以為是頭胎的正常反應，還紛紛推測她懷的是男胎，蕊姬暗喜。
如懿探視蕊姬後回宮，卻偶遇蓮心投湖自殺。宮中自戕是大罪，蓮心忙以失足落水解釋。

如懿細問蓮心後，才知王欽夜夜羞辱折磨蓮心，蓮心明白皇后需要王欽探知皇帝心意，保中宮之位，為二阿哥鋪路，不會為了自己跟王欽撕破臉，自己只求一死解脫，如懿決定施以援手，讓蓮心忍耐等待時機。
蕊姬早產臨盆，誕下的小阿哥卻身形有異，不久便死去，皇帝心生忌諱，皇后封鎖消息，以養身為由將蕊姬禁足宮中，王欽捧著死嬰出去埋葬，撞到晞月，晞月看到孩子受驚，答應不聲張。白蕊姬產後月餘皇帝都未曾看她，皇帝自己也鬱鬱寡歡，太后寬慰皇帝，並試圖為蕊姬說話，這時傳來喜訊，皇后侍女出身的儀貴人遇喜，皇帝稍感安慰；此時宮中流言紛紛，蕊姬聽聞兒子是妖孽，憂心皇帝嫌棄自己，假裝自縊引皇帝來永和宮。

儀貴人所在景陽宮熱鬧非凡，金玉妍看出阿箬眼中流露出羨慕之情，便煽風點火暗示丫鬟也可飛上枝頭變鳳凰，而儀貴人因為蕊姬之事，足不出戶，玉妍提點儀貴人多用炭盆保暖，還讓儀貴人依綠筠經驗多食魚蝦。
當日蕊姬生產，除了皇帝只有皇后、如懿、太醫齊汝和王欽四人知情，究竟是誰散播流言，皇帝又會懷疑誰，都難揣測，王欽找來一群太監作偽證，說流言傳自延禧宮，如懿自願禁足，李玉送如懿回宮時，如懿讓李玉找蓮心打探王欽情況；王欽晚上回家，看到蓮心擺好酒菜迎接自己，他喝了蓮心下了藥的茶，又一連吃了幾顆壯陽藥，發酒瘋似地追蓮心出屋來，神志模糊間，王欽把延禧宮門口看熱鬧的晞月當成蓮心，又抓又摸，晞月震怒，請皇帝來主持。

蓮心說出流言之事實乃王欽所為，栽贓嫁禍如懿，皇后對晞月無事生非不滿，加上大阿哥之事，更覺晞月二心。但皇帝對琅嬅已有不快，晞月也在皇帝面前失寵，如懿則是洗刷冤屈、解除禁足、重沐春風；經過蕊姬一事，皇帝和太后對儀貴人這一胎都更為看重，玉妍提議將儀貴人的景陽宮重新粉刷；皇帝讓如懿協理六宮，一同照顧儀貴人，皇后不安，想著若儀貴人生子，便親自撫養，來日永璉好多個臂膀，同時對永璉要求也更嚴格，永璉日夜苦讀，染上風寒，更被勾出哮症，若不好生調養恐有性命之憂，便是仔細養育怕也是能文不能武，皇后備受打擊，一時未將永璉生病之事告訴皇帝；景陽宮遇蛇，儀貴人被床前的毒蛇嚇得連連驚叫，如懿及時趕到。

如懿鎮定命太監取來雄黃粉潑蛇，再用鉗挑出，玉妍建議讓如懿照顧儀貴人。儀貴人正感激如懿救命之恩，願意移往延禧宮，玉妍對皇后解釋是為免儀貴人之胎有恙牽連皇后，自己遠嫁而來無所依靠，一心都是為皇后；失寵的晞月擔心旁人疑心是自己宮裡善玩蛇的太監雙喜，讓雙喜把蛇都扔了；如懿深覺景陽宮鬧蛇蹊蹺，調查之下發現粉刷景陽宮的油漆被摻入會引毒蛇的蛇莓汁，如懿對儀貴人一應諸事更為謹慎仔細。另一邊，玉妍提示晞月在如懿身邊找個親近人以探動向，比如其父在晞月阿瑪手下當差的阿箬，晞月聽後找了上次幫自己對蕊姬下手的小福子…如懿對儀貴人的日常起居膳食慎之又慎，但還是未能防備住暗算，儀貴人毒性發作，胎死腹中。

宮中龍胎連連不保，皇后在長春宮審理儀貴人龍胎夭折一案，太醫說明胎死腹中是由於水銀中毒，且玫貴人白蕊姬之胎，也是中了水銀之毒，皇后皇帝在搜出的朱砂盒上嗅出只有如懿使用的沉水香味道，同時小祿子小福子小安子三人也都咬定，是如懿指使的，如懿驚詫難解，皇帝亦不信…皇后再喚上如懿貼身侍女阿箬，阿箬沒有護主，反而咬定如懿為奪嫡對兩位龍胎下手…事關兩位皇嗣，太后做主將如懿降為貴人，幽禁延禧宮，如懿想不到會被自幼一起長大的阿箬背叛，整個人懵在延禧宮，海蘭趕來安慰；皇帝找來心腹毓瑚嬤嬤暗中調查…毓瑚查出有人想讓阿箬死在慎刑司。但幕後黑手不知是誰，皇帝決定先保住阿箬，免得死無對證。

皇帝收阿箬做了御前宮女，阿箬趁勢上位；蕊姬到延禧宮鞭打如懿，儀貴人闖入延禧宮要刺殺如懿，被海蘭擋下，海蘭將兩樁行刺事告知皇帝，皇帝派人看守延禧宮，但並未處置蕊姬和儀貴人；而儀貴人刺殺不遂，小產後身體太弱，很快死去；晞月對阿箬上位不忿，皇后提點晞月，阿箬阿瑪在晞月阿瑪手下做事，總有挾制的法子；玉妍則提點阿箬，小心萬一如懿翻身，阿箬會丟了好不容易得來的一切；阿箬差人以御膳房的名義給延禧宮送了一盤毒糕點，想毒死如懿，被太后侍女福珈截下；太后勸皇帝儘快發落如懿，否則如懿有性命之憂，並給皇帝看了福珈攔下的毒糕點，太后建議將如懿打入冷宮，安撫人心，反而可保住她性命。皇帝糾結不已，痛苦難斷。

皇帝聽從太后安排，將大阿哥給蘇綠筠撫養，如懿打入冷宮，如懿臨走前求見皇帝最後一面，如懿問皇帝送自己入冷宮，是否是皇帝本心，皇帝承認為難，如懿願讓時間為自己洗刷冤屈；惢心陪如懿入冷宮，海蘭、綠筠趕來相送，哭成淚人；與此同時，玉妍、蕊姬、阿箬等則在皇后主持下行冊封禮，禮樂喧鳴；冷宮夜裡，如懿惢心被其他廢妃們驚醒，廢妃大都瘋瘋癲癲，唯獨先帝的吉太嬪，聽聞如懿是先皇后烏拉那拉氏侄女，好奇如懿能在冷宮熬多久，冷宮中吃食難以下嚥，唯獨吉太嬪的那一份乾乾淨淨，如懿好奇，吉太嬪讓如懿不必多看，冷宮和宮裡其他地方一樣，也可以想辦法弄銀子給管伙食的馬公公安排，如懿心下動念。

海蘭偷到冷宮隔門探望如懿，如懿看出海蘭受委屈，要她學會自保；惢心因冷宮食物不淨鬧肚子，如懿托凌雲徹將她和惢心繡的帕子絡子拿出宮賣，凌雲徹則要求拆分賣得的銀子；如懿和惢心的日子比剛入冷宮時稍好了些，如懿還向凌雲徹索要花籽準備種花；海蘭在御花園放風箏給如懿報平安時巧遇皇帝，皇帝讓海蘭折幾支凌霄花枝送給如懿，如懿以為花枝是海蘭送的，用心栽在冷宮牆角。而衛嬿婉因凌雲徹湊足了銀兩，調往綠筠宮中服侍大阿哥永璜；金玉妍、晞月、阿箬散步時碰到給冷宮送飯的馬公公，聽到如懿吃食還不錯，心中不悅…如懿和惢心在冷宮半年，就開始渾身濕痛，惢心托凌雲徹去太醫院找自己的同鄉江與彬看能否醫治，江與彬答應想辦法偷偷進入冷宮。

海蘭受罰後到冷宮門口找如懿哭訴自己熬不住了，如懿要海蘭鼓起勇氣保護自己，就像沒有她這個姐姐一樣；而且海蘭在外面過得好，如懿在冷宮裡也能稍安心；海蘭回宮途中在安華殿廊下避雨，無意聽見安華殿內的晞月同侍女說起，陷害如懿進冷宮，乃晞月與皇后二人所為，虛弱加上震驚，海蘭昏倒在雨中；等海蘭醒來，回想如懿叮嚀，默默決心不能再如以前一般活，海蘭不時陪綠筠至擷芳殿探望三阿哥，偶遇來看二阿哥的皇帝，皇帝留意到裝扮神氣已有不同的海蘭，海蘭到繡房指點秀女刺繡，被皇上看到後對海蘭舊情復燃；二阿哥病情日重，更不甚吸入秋日蘆花而夭折，海蘭在冷宮附近給二阿哥偷偷燒紙，不料燒了一半的人偶紙錢被璟瑟撿到交給晞月。

玉妍誕下皇上登基後第一子，綠筠只帶親生的永璋去探視，恰遇皇帝並被封妃；在鍾粹宮伺候大阿哥的嬿婉見綠筠對兩個皇子不公平，替大阿哥委屈；皇帝來綠筠宮中，要兩皇子不要貪玩而荒廢學業，嬿婉立刻回話，說永璜好學並教導弟弟永璋讀書寫字，皇帝大悅，綠筠也賞賜嬿婉；一日，海蘭在御花園目睹皇帝對偶遇的嬿婉有所注目，擔心再出一個阿箬，將所見告知了綠筠，而剛與凌雲徹分手的嬿婉，就被調去花房。
太醫江與彬終於混入冷宮，開始為如懿和惢心診治風濕，調養身子；皇后大病初愈，晞月拿著人偶紙錢狀告如懿偷偷詛咒導致二阿哥早夭，皇后恨不能立刻為子報仇，身在冷宮的如懿，依舊必須面對來自冷宮外的明槍暗箭。

如懿夜裡遭毒蛇襲擊，凌雲徹及時相救，發現樓上的瓦片被人掀開，推斷是有人故意放蛇，又發現如懿、惢心吃食被人做過手腳全是大寒之物，以至風濕嚴重，如懿沒想到已進冷宮，仍不被外頭的人放過；而皇帝得知冷宮鬧蛇之事，讓毓瑚更留心護住如懿。
如懿父親巡視時落水而亡，皇帝派李玉給烏拉那拉府送撫恤銀子，又讓海蘭緩些再告知如懿以免她過度傷心，皇后得知皇帝派人探望那府心生妒意，加上怨恨如懿詛咒永璉，決定讓如懿嘗嘗痛失至親生不如死的滋味；如懿收到以海蘭名義遞進來的消息，得知父親那爾布死訊，悲痛欲絕，更深感是自己無能以至家破人亡；中元節前，如懿又收到以海蘭名義送來的宮中禁燒的紙錢，如懿感覺事有蹊蹺。

中元節，皇后帶眾嬪妃在圓明園燒法船，留在宮中的太后請了大師進宮做法事，而如懿在冷宮也燒起了紙錢；太后身邊的太監成翰稟報太后，如懿燒紙錢衝撞太后法事，太后氣勢洶洶趕到冷宮，卻發現是為太后祝禱的六字真言，太后正要離去時，吉太嬪卻忽然行刺太后，如懿奮不顧身擋在太后身前，凌雲徹也及時趕到救了太后，太后讓如懿惜命以待來日。
海蘭懷上龍胎不敢聲張，滿了三個月才敢告訴皇帝，江與彬將消息告訴如懿，如懿也替海蘭高興；江與彬為如懿診脈，當年入潛邸時皇后送給如懿和晞月一人一隻的蓮花鐲脫落，摔裂後掉出幾粒小黑丸，江與彬發現小黑丸乃零陵香，長期使用會使女子不孕，如懿這才明白多年來為何一直無喜。

重陽節，皇后婉轉向太后致歉，太后點撥皇后後方才接受，同時向皇帝送上了第二位新人葉赫那拉意歡，意歡相貌清麗，心思不俗，皇上封為舒貴人。晚宴後，傳來冷宮走水的消息…凌雲徹再次捨身救出如懿，皇帝趕到時給她披上龍袍，皇后神色複雜；這場大火原是皇后借重陽煙火除掉如懿，晞月、玉妍、阿箬都有參與。
如懿將皇帝龍袍洗淨，托江與彬交還皇帝，皇帝傷感如懿連自己一身衣物都不願留下，海蘭解釋如懿是怕睹物思人，自哀是棄妃身分，令皇帝更難逃心中對如懿情感；海蘭為了助如懿，自己服下朱砂，很快出現相同中毒症狀，眾人開始懷疑當年是否阿箬栽贓，兇手另有其人，皇帝也下令毓瑚重啟調查。

冷宮裡的如懿又突然中了砒霜之毒，還好及時被救了，皇帝下旨等如懿身體恢復，即接“嫻妃”回宮，阿箬眼看如懿就要出冷宮，心虛跪在養心殿外求皇帝寬恕；雪後初霽，如懿康復，離開冷宮的日子到了；如懿讓惢心做了靴子送給凌雲徹，凌雲徹也終於從失戀的消沉中振作起來，求如懿幫忙尋個好前程；李玉來接如懿回宮，如懿一個人走上自幼同皇上玩耍過的城牆，仔細看了看紫禁城，才回到皇帝為其新安排的翊坤宮，早已等著的皇帝送如懿親自研磨的綠梅粉，又親手幫她塗凍瘡藥，如懿對皇帝仍有芥蒂，如懿說自己在意的不是身外華物，而是絕境裡不會放開她的手，皇帝要如懿再相信自己，如懿沒有正面回答，而是向皇帝為凌雲徹求了恩典以謝救命之恩。

如懿跟海蘭久別重逢滿心歡喜，也都憂心對方中毒後的身體，但說開後才知兩人是不約而同以身犯險，如懿擔心海蘭和肚子裡的孩子，海蘭說一切有江與彬，沒有大礙，並請如懿將來撫養腹中孩子，如懿應允。
太后猜出如懿自演苦肉計，如懿承認，但太后不想追究，讓如懿好好自處；請安時皇后問起如懿為何沒戴當年贈送的鐲子，如懿淡淡解釋拿去修理，此時的阿箬深恐如懿報復，夜裡噩夢連連，白日坐立不安，還被眾妃甚至宮女們譏諷；立冬家宴時，連皇帝也以祝賀如懿沉冤得雪，對阿箬語帶譏諷，當夜阿箬侍寢，合衣跪在龍床前，原來皇帝只給她表面風光，卻從來沒碰過她，留下阿箬只為翻案；皇帝質問阿箬當年誣陷是受誰指使，阿箬為護家族，咬死不認。

毓瑚依皇帝交代為凌雲徹安排了坤寧宮侍衛一職，並告知如懿，其實一直以來皇帝都有安排她暗中照顧如懿，而毓瑚託付的就是凌雲徹；如懿對皇帝的芥蒂終於消散。
阿箬的阿瑪桂鐸防洪時因公隕命，毓瑚的調查也已有進展，皇帝終於處置阿箬；合宮春宴之上，皇帝送眾嬪妃東海明珠，唯獨送阿箬一盒朱砂，皇帝質問當年的真相，而晞月暗中威脅，阿箬無法說出幕後真相，只能自己攬下當年所有罪責，如懿不信阿箬可以謀劃這麼大的局面，可阿箬弟弟已被晞月掌握，只能將朱砂、冷宮鬧蛇失火等事都認了，雖然毓瑚暗中查訪，已發覺晞月可能牽涉其中，皇帝認為動晞月時機還未到，便下旨弄啞阿箬貶為庶人，交給如懿發落。

如懿見到已啞的阿箬，知道問不出真相，把阿箬送入了冷宮，阿箬得知兩個弟弟安好，在冷宮穿著紅衣上吊自盡。
海蘭臨盆難產，江與彬被玉妍叫去給玉氏使者看病，臨時由許太醫和李太醫給海蘭接生，如懿見海蘭狀況非常憂心，讓惢心去找皇帝請齊汝，海蘭艱難生下一子，卻在產後大出血昏迷，好在齊汝及時趕到，為海蘭止血保住性命，孩子是個健壯的阿哥，排行老五，皇帝心喜，為五阿哥取名永琪，交由如懿撫養，並晉海蘭位分為愉嬪。
綠筠忌憚永璜，向皇帝進言安排永璜與遠親伊拉里氏結親，皇帝同意，而永璜怕綠筠多心，只能偷偷探望如懿；翊坤宮中鬧了鬼，傳言阿箬死後不安，如懿請來薩滿震懾得以平息，晞月則心虛不安。

如懿去咸福宮探望晞月時，發現太監雙喜會玩蛇起了疑心，於是皇上將太監雙喜囚禁拷問，雙喜招認了冷宮毒蛇、如懿飯菜都是他做的手腳，皇上得知真相，對晞月甚感失望。
如懿提醒皇帝雙喜招認冷宮鬧蛇，對景仁宮鬧蛇卻全然不知，事有蹊蹺，晞月做事雖狠，但並無周全的計謀，此事鬧得如此之大，她依靠的是皇后，可是皇帝並不願追究皇后，考慮高斌是朝廷重臣，皇帝只罰晞月禁足，也不再派太醫為她醫治寒症；如懿心有不服，皇帝賜她五阿哥撫養作為安慰。
原來晞月宮中鬧鬼，是如懿命手下用了磷粉，導致她做賊心虛，嚇得瘋瘋傻傻，玉妍被封嘉妃，如懿信守對凌雲徹的承諾，幫嬿婉在花房謀了個輕鬆的送花差事，凌雲徹與嬿婉又重修舊好。

皇后看到嬿婉送盛開的姚黃牡丹而心煩，嬿婉將花拿走時，不小心撞到太監，摔碎花盆，嬿婉情急下說了如懿的好話，誰知反而火上澆油，嬿婉被交給玉妍調教，玉妍為幫皇后出氣，對嬿婉百般刁難。
綠筠到玉妍宮中小坐，點出嬿婉是狐媚之人會勾引皇上，這下嬿婉更是被玉妍百般折磨，凌雲徹發現嬿婉受折磨，求如懿幫忙；於是如懿向玉妍討要嬿婉，卻碰了釘子，海蘭奉勸如懿不要搭救嬿婉，自己親眼目睹過她勾引皇上的樣子，如懿聽聞覺得嬿婉薄情寡義不值得凌雲徹如此牽掛。
大阿哥永璜即將婚配，說不定什麼時候就生下皇長孫，可皇后還尚無嫡子，又有傳言是皇后害死永璜生母，雖非屬實，但如果永璜成為太子又聽信流言，對皇后的處境極為不利。

如懿去探望臨終前的晞月，說多年以來齊太醫對她的湯藥都做了手腳，導致她寒症一直不好，如懿又用簪子撬開晞月手腕上的鐲子，倒出皇后多年前放入的零陵香，晞月求如懿讓皇帝來見她一面，晞月向皇帝坦白了自己的罪行，也供出皇后的種種罪行，皇帝不願相信，晞月拿出當年皇后送的鐲子，告知皇帝，皇后在手鐲裡灌了零陵香，導致她和如懿長年不孕，而晞月誤以為是皇帝命齊太醫在自己的湯藥裡做手腳，便給皇上坐了染了疥蟲的坐墊。
晞月去世被晉為皇貴妃，皇帝雖不願拆穿皇后的罪行，卻對她開始疏遠，皇后發現如懿不再戴自己贈送的手鐲，是皇上的授意，也擔心晞月已經對皇上供出自己，加上皇上又追封永璜死去的生母為哲憫皇貴妃，皇后更是憂心忡忡。

皇上疥瘡病發，皇后不怕傳染，連夜守護在皇上身邊，後宮其他貴妃都想去皇上跟前侍疾爭寵，又不敢做出頭鳥，意歡看不上，便獨個去安華殿祈福，並冒雨掛起經幡，祈求皇上儘快痊癒，意歡給皇上編織的福袋卻被皇后擋在宮外，皇后日夜侍疾，皇上感激，皇后很快便懷上龍胎，但皇后脈象無力，齊太醫必須極力來保胎，這個嫡子關乎富察氏族人的未來，皇后母親命齊太醫拼命保全，同時也要讓皇上、太后知道皇后懷這孩子的艱辛，皇后懷胎八月就早產；皇帝、太后、以及後宮上下都為她祈福，皇后拼了命終於誕下嫡子，皇帝給七阿哥起名永琮，包含了對他繼承宗業的期許，太后、皇帝對嫡子都十分偏愛，可永琮身體卻極為虛弱。

八阿哥滿月，皇帝去啟祥宮看望，在御花園碰到玉妍和如懿，嬿婉剛被玉妍在臉上擰了一把，她故意呻吟引起皇上注意，皇上調她做自己的御前宮女，如懿趁機幫凌雲徹請婚，給了嬿婉兩個選擇：要麼出宮跟侍衛婚配，要麼留在宮中給皇上做宮女；嬿婉遲疑，但最後還是堅定的選擇做御前宮女，如懿明白凌雲徹是留不住嬿婉了。
進了養心殿，嬿婉也只是個宮女，進忠告訴她必須成為嬪妃才是好的出路，嬿婉立刻對皇上表達愛慕之意，看皇上衣服鬆了，要給他做套新的，嬿婉用手丈量皇帝腰身之際，皇帝一把將她抱住。這時進忠端著點心進來，看見眼前景象，嚇得跪下，皇帝當場下旨，封嬿婉為答應，賜居永壽宮；當晚侍寢的路上，嬿婉碰到等她的凌雲徹，兩人決裂。

如懿幫凌雲徹晉升為御前侍衛，嬿婉晉封為常在後去拜見如懿，如懿態度冷淡；皇帝與如懿用膳時，嬿婉送來給皇帝燉的燕窩，但用料過猛，顯得粗俗，皇帝露出嫌棄之色，命如懿教導，嬿婉立志要學會如懿懂的一切，並超越她；白蕊姬聽聞自己孩子遇害雖是晞月所為，但幕後主使事實上是皇后，心頭憤恨，侍女茉心為替晞月報仇，將自己染病的中衣交給白蕊姬，白蕊姬到漿洗房，買通僕婦將染病的中衣送給永琮的奶娘，永琮感染了痘疫，白蕊姬陷害七阿哥得手，樂極生悲在宮中暈厥，經過江與彬診治，白蕊姬得知自己由於產後身體長期虛虧，命數不久，而慫恿白蕊姬出手的金玉妍卻在這時懷上了第三個孩子；永琮最終沒熬過痘疫薨了。

皇帝喪子傷心欲絕，決定攜六宮及太后東巡，皇后為護住中宮之位，死撐著病體去東巡；此時科爾沁部來要求與大清嫡出公主成親之事，但目前只有兩位嫡出公主：太后的二女兒恆媞，皇后的獨女璟瑟。太后已經遠嫁一個女兒，無論如何不願再遠嫁第二個女兒。而皇后剛經歷喪子之痛，亦不願再失去女兒。太后得知皇帝打恆媞的主意，派安插在皇帝身邊的意歡去遊說皇上。但意歡癡情不願進言，太后召見皇后開門見山地談論此事，皇后為保自己的女兒不惜頂撞太后；深夜，老臣張廷玉與皇上分析遠嫁璟瑟的好處，若遠嫁璟瑟到蒙古最富庶的部落可鞏固皇上的江山，若遠嫁恆媞反而助長了太后的勢力，皇帝聽後心意動搖。

如懿給太后獻計，讓前朝大臣力陳遠嫁恆媞公主的好處，令富察氏族人心動，給皇后施壓。太后大喜，對如懿刮目相看；皇帝命如懿和蘇綠筠勸說璟瑟遠嫁，如懿對心高氣傲的璟瑟說明遠嫁蒙古對母族和大清的幫助，璟瑟屈服，皇后無奈地接受這個結果，心病更重；皇帝擔心皇后病情太重，車馬勞頓，回宮改走水路，白蕊姬看皇后獨自在碼頭賞月，便到附近蘇綠筠的船中跟她大聲聊天，說星客預測中宮有災臨頭，又提起嫡子之死是一報還一報，皇后聽後亂了心神，行走時不慎落水，還好凌雲徹發現，跳入水中，搭救了皇后，皇帝厚賞凌雲徹，並晉升他為三等御前侍衛，皇后落水被救上來，太醫檢查過後，發現皇后已是油盡燈枯。

蘇綠筠發現自己的珠花不見了，害怕皇后落水一事會扯到自己身上，會落個見死不救的罪名，海蘭安慰她；皇后臨終前向皇帝力薦蘇綠筠，叮囑皇帝萬不可讓如懿做皇后，皇帝戳穿她之前的罪行，皇后承認贈送晞月和如懿零陵香手鐲、在冷宮加害如懿，但發誓沒有陷害如懿入冷宮，而冷宮鬧蛇、大阿哥生母之死、如懿中砒霜之事都與她無關，皇后隨即去世；蘇綠筠被金玉妍慫恿辦理皇后喪儀，故意排斥如懿插手，金玉妍命貞淑殺了皇后丫鬟素練，以除後患，並在素練手中塞入蘇綠筠遺失的珠花；皇帝感覺似乎錯怪了皇后，欲傳蓮心和素練問話，卻收到素練殉主的死訊，蓮心說很多事皇后無謂去做，更怕做了會牽連她最重視的富察氏榮耀，皇帝感到她說的有理。

皇后去世，后位之爭拉開序幕，眾人巴結皇后臨終舉薦的蘇綠筠，金玉妍接到玉氏來信，世子即將繼承王位，希望她成為大清皇后，為玉氏爭取更多利益，而如懿只在意情分，對中宮之位不太關心，金玉妍於是將矛頭對準蘇綠筠；大阿哥在準備皇后喪儀之中來給如懿請安，如懿以為他是念及過去的養育之恩，誰知永璜只是想利用膝下無子的如懿助他奪嫡， 如懿灰心，而海蘭怕如懿失去機會，於是故意在三阿哥經過的路邊囑咐永琪喪儀時不要大哭，表現鎮定才會成為皇帝心目中的太子，皇帝通過毓瑚觀察永璜和三阿哥永璋是否有意結黨營私，對蘇綠筠的狹隘心腸頗為不悅；而金玉妍將當年哲妃難產致死栽贓於皇后，永璜悲痛欲絕。

喪禮當日，三阿哥學永琪不悲傷痛哭，故作鎮定，永璜對皇后心中憤恨，也沒有掉下眼淚，皇帝看到他二人不哭，又為太子之位明爭暗鬥，頓時勃然大怒，宣佈永璜、永璋不可能繼承大統。嬿婉看蘇綠筠大勢已去，便去拜訪如懿，如懿避嫌對所有人閉門不見，嬿婉又去討好金玉妍。金玉妍趁機刁難，讓嬿婉像以前一樣幫她擦鞋。凌雲徹搭救皇后有功，又被皇帝賞賜綢緞。他領賞的時候碰到被金玉妍羞辱的嬿婉，將手帕遞給她擦淚。嬿婉拒絕，對自己的選擇無怨無悔。暗中下定決心一定要懷孕往上爬。
皇后去世，皇帝性情大變，看似大動肝火，實則趁機掃除朝廷舊臣，這心思如懿看得懂，令皇帝感到更加親切，如懿看惢心到了婚配的年紀，打算求皇上把她賜婚給江與彬。

太后告誡如懿不要像姑母那樣作繭自縛，如懿沒有戳破是海蘭陷害大阿哥，海蘭明白如懿依然對自己留有情意；太后催促皇帝立后，但皇帝希望喪期滿了再說，目前就是先立皇貴妃主理六宮之事，太后反對如懿晉升，而皇帝不顧太后阻撓，封如懿為皇貴妃。
玉氏世子登基即將進京，金玉妍喜極而泣，闊別多年，終可與世子再見，殊不知，世子繼位後逼得髮妻自盡，皇帝要將他押進京，親自發落，由於擔心影響金玉妍生產，並沒有通知她。
嬿婉在金玉妍處受盡侮辱，太監進忠提點她玉氏王爺即將被押入京城，金玉妍得知此事或許會傷身，嬿婉趁皇帝外出，想著法子把凌雲徹騙到了自己的宮中。 她偷偷給凌雲徹下了香藥，想與他誕下孩子，凌雲徹拒絕。

安吉大師為了金川戰事進宮給皇帝祈福，他發現如懿的印堂紅中帶黑，似有不祥之事，金玉妍注意到安吉大師很關照如懿，又心生一計。夜間，如懿宮中忽然出現身穿與安吉大師相同的白衣刺客，巡邏的侍衛追去時，刺客已經翻牆逃脫；如懿被金玉妍誣陷與安吉大師偷情，金玉妍貼身丫鬟貞淑更呈上證據，如懿筆跡撰寫的情書，和一串七寶手串，說是如懿和大師的定情信物，皇帝半信半疑，但也無從證明如懿的清白，太后建議先從宮女查起。
送冰的宮女艾兒因為戴著向安吉大師徒弟安多求來的男僧手串，被公然鞭打一百，艾兒自知難逃一死，她聽信金玉妍教唆，受罰時在大庭廣眾之下喊出如懿與安吉大師私會的話。隨後艾兒便咬舌自盡。

宮中流言紛紛，有損如懿名節，皇帝送惢心去慎刑司受審，證明如懿清白，並將如懿禁足翊坤宮；皇帝的萬壽節，被禁足的如懿準備了糕點和壽桃，並且親手寫了個“壽”字在糕點上面，差嬤嬤將禮物給海蘭，海蘭發現盒子封條上像是字謎，她沉思後找到藏在裡面的包裹，海蘭通過凌雲徹和李玉，把包裹裡的七寶手串跟皇帝鎖在養心殿的證物互換。
皇帝看到點心上的“壽“字 是如懿模仿自己的筆跡而寫，那麼也有人可以模仿如懿的筆跡寫情書，皇帝為了澄清如懿和自己的名譽，不惜對惢心用刑，如懿提出七寶手串中的奧妙，這手串用的是紅玉髓而不是瑪瑙，出家人絕不會搞錯，所以作為證物的手串並非大師所用之物。只有不懂修行的外來女子才會混淆紅玉髓和瑪瑙。

皇帝下令所有人測字，發現貞淑筆跡過於彆扭，並無法區分紅玉髓和瑪瑙，當即將她關進慎刑司，並放了惢心；但惢心腿骨被夾斷，以後無法像常人一般行走，如懿替惢心感到委屈，皇帝告訴如懿，只有這樣她才能成為皇后，為了彌補惢心，皇帝同意將她賜婚給江與彬。
貞淑在慎刑司招認模仿如懿筆跡寫情書，被皇帝驅逐回玉氏；金玉妍被降為嬪位，嬿婉並告知玉氏王爺被押入京，金玉妍震驚，挺著大肚子跑到養心殿磕頭給玉氏王爺求情，皇帝大怒，降她為貴人，當夜金玉妍難產，誕下已經斷氣的九阿哥；經過安吉大師一事，如懿向凌雲徹吐露她雖然走到了最高的位置，卻已經失去了皇上獨一份的信任，凌雲徹表示自己會永遠追隨在如懿左右。

金川戰事不利，訥親擅自回朝推卸責任；皇帝將他處死，立威服人心；皇帝辦事老練，顯然已經羽翼豐滿。
惢心自腿傷後就自卑，自覺配不上江與彬，但在江與彬的悉心照料下終於解開心結，嫁予江與彬。
皇帝懲罰玉氏王爺半年後，便給金玉妍恢復嬪位，如懿不悅，皇帝解釋為安撫玉氏，他必須以大局為重，如懿追問，如果金玉妍再興風作浪，那該如何，皇帝答應嚴懲。
永璜因被皇帝斥責，繼位無望，身患重病，臨終前，永璜告訴如懿是皇后害死自己的生母，此話正是金玉妍親口告訴他的，永璜隨即去世。

皇帝對永璜心存愧疚，並沒有參加他的喪儀，如懿安慰並提起永璜因為聽信金玉妍的話在靈前才會失禮，皇帝認為金玉妍也是聽信了流言才誤導永璜。
如懿遇見內務府太監正在分配新來的宮女，唯有一個叫容珮的宮女敢於站出來頂撞秦立，指出他受人賄賂，處事不公，如懿喜歡她心直口快，留容珮在身邊頂替惢心過去的職位。
綠筠向如懿表明忠心，承認自己當年是鬼迷心竅才想爭奪后位，兩人冰釋前嫌；太后並不支持如懿封后，但也無力回天，她得知如懿答應成為皇后，是不想辜負皇上的情分，太后告誡她君心是世上最難把握的東西。
璟瑟為了繼后一事特地回宮，她認為如懿配不上額娘的位置，決心等待如懿跌下來的那日；而如懿終於坐上后位。

如懿封后，眾妃請安，金玉妍對她並不敬重，如懿贈金玉妍一對紅玉髓耳墜，這耳墜銀針比平常銀針粗了兩倍，容珮對著耳孔硬生生的扎下去，金玉妍疼得尖叫，如懿安排惢心在旁看著，在眾妃面前，如懿說明是為給惢心報仇，也是警告金玉妍不要再圖謀不軌；金玉妍受辱，告到皇上那裡，皇帝卻不以為然，他明白如懿賞罰分明，上位後必須彈壓金玉妍。
如懿提醒皇帝，金玉妍跟玉氏的商人來往甚密，皇帝斷了玉氏商人的商道，同時也罰金玉妍去奉先殿跪拜思過，金玉妍看著歷代的皇帝像，盼望兒子有朝一日成為皇帝。
皇帝對如懿情深義重，想起如懿以前在冷宮受苦，決定廢除冷宮；並讓郎世寧為自己和如懿畫像，還安排如懿的母親進宮與她團聚，如懿感動。

葉赫那拉意歡多年無孕後突然懷孕，皇帝對意歡懷孕感到意外，但看她對自己一片真心，便允許孩子誕生；嬿婉看意歡有孕，心中酸楚，如懿勸她少服坐胎藥；嬿婉的丫鬟機靈，帶著藥方出宮去查，才發現是避孕藥，嬿婉恍然大悟，想起如懿的提點，不但沒有感激之情，反而憤恨如懿明知真相，卻將她蒙在鼓裡。
齊太醫稟告太后照顧意歡順產後要告老還鄉，太后准許；齊汝給意歡避孕失敗，又與太后會面，引起皇帝疑心；毓瑚檢查當年齊太醫給晞月的藥方，雖看不出什麼問題，但藥都是齊太醫親自配製的，想起太后因為遠嫁女兒對高斌懷恨在心，皇帝懷疑太后指使齊汝害死高晞月，打算除掉齊汝。
皇帝登基後第一次南巡，帶著如懿，閒暇時體驗人間煙火。

乾隆在西湖邊設宴。太后安排白蕊姬跟慶貴人在荷花中彈唱表演，並提醒皇帝必須雨露均沾。皇帝的太監進保在夜宴時將齊太醫推入荷花池中，讓他當下溺水斃命，太后懷疑是皇上所為，對自己有所防範。
宴會上，嬿婉忽然在湖中小舟之上翩翩起舞，皇帝不喜太后干涉自己與如懿的私事，氣惱之下便命嬿婉當夜侍寢，又封她妃位。
嬿婉在行宮取巧獲得晉升，京城後宮也因她而不安寧，嬿婉買通觀天象的監正向皇帝進言，欽天監嚇唬乾隆，說紫微星分出小星不詳，此乃父子相剋之象，令皇帝對葉赫那拉意歡腹中胎兒心生芥蒂，嬿婉早已安排設計五阿哥得病，驗證欽天監監正的預言，又給江與彬下瀉藥，耽擱他回京診治的行程。

進忠偷了金玉妍的肚兜，栽贓凌雲徹，金玉妍惱羞求皇帝打死凌雲徹，如懿建議查清真相，嬿婉心中不忍也求皇上將他發配遠方，皇帝決定把他調往木蘭圍場；江與彬耽擱了行程，意歡的臉上斑沒退去，影響了容貌。
金玉妍擔心白蕊姬被皇帝召去問話，會洩露自己謀害孝賢皇后的罪行，派丫鬟麗心下毒，如懿和海蘭看到麗心對送飯的太監獻殷勤，提醒白蕊姬飯菜有毒，白蕊姬將米飯餵給鸚鵡，鸚鵡當即斃命。
皇帝發現白蕊姬是太后暗中安插的人，皇帝問她為人做嫁衣裳，是否會怨恨領她入宮之人，白蕊姬自知時日不多，到太醫院加了一包草藥進慶嬪的藥罐裡，慶嬪飲後，血崩不止導致無法生養，而白蕊姬承認就為圖個痛快，皇帝命如懿親眼盯著白蕊姬受死。

白蕊姬臨終前向如懿坦白是皇上指使自己害慶嬪，也承認為報仇害死七阿哥和孝賢皇后，當如懿提出害死她孩子的也許不是孝賢皇后時，白蕊姬不願相信報錯了仇，所以到死也沒有供出金玉妍，而白蕊姬被下毒引起如懿的警惕，開始徹查金玉妍以前的種種。
意歡生下十阿哥，嬿婉和進忠買通產婆做手腳導致她再難有孕；十阿哥也十分虛弱，皇帝聽信欽天監的預言，忌憚父子相剋，將十阿哥送到諴親王府寄養，並有意避開意歡。
皇帝龍體欠安，十阿哥身體虛弱，如懿打算為他們祈禱，白蕊姬剛剛去世，如懿也想一併安排法事，金玉妍反對，如懿提起七阿哥生痘疫有古怪，金玉妍隨口說七阿哥無福才得了痘疫，是對皇子不敬，如懿罰金玉妍禁足為七阿哥和孝賢皇后製作經幡。

皇帝因為過於操勞，身體虛弱，想飲鹿血酒提神，被江與彬回絕，因藥性太猛，並不適合皇帝；太監進忠便給嬿婉獻計以鹿血酒討好皇帝，於是皇帝因鹿血酒而夜夜留宿，白日也與眾嬪妃飲酒作樂，以至於倦怠朝政。
皇帝偷飲鹿血酒被逮個正著，如懿端上解酒湯，皇帝不想喝惱怒地甩手打翻，如懿勸夫君愛惜身體不遂，自願下跪受罰，如懿跪在臺階上，忽然暈倒在地，原來如懿有了身孕，皇帝大喜，跟如懿解釋飲鹿血酒是為了破欽天監監正的預言，也因為怕像雍正一般在壯年驟然離世，皇帝懲罰嬿婉等人邀寵媚上，不得侍寢；金玉妍也上報自己有喜三個月，如懿、金玉妍懷有身孕，後宮嬪妃所剩無幾。皇帝決定選秀，入宮三位新人。

如懿擔心遭人算計，對外裝作懷有女胎，皇帝不免有些失望，後宮眾人尤其是金玉妍稍稍放下了心，嬿婉想對如懿的肚子下手，籠絡接生的田姥姥，田姥姥卻不敢害中宮的孩子，拒絕了嬿婉。
十月之後，如懿終於安全誕下十二阿哥，永璂，金玉妍聽聞如懿生下的是個阿哥，頓時氣得七竅生煙，金玉妍怕皇帝一心只寵愛嫡子，忘記自己的四阿哥永珹，決定賭一把。
秋日皇帝帶著眾嬪妃到木蘭圍場狩獵，金玉妍在圍場碰到遛馬的凌雲徹，想起當年肚兜被盜之辱，命永珹鞭打凌雲徹，如懿剛好經過，幫凌雲徹解圍，如懿與凌雲徹闊別兩年，見他一切還好，並準備有朝一日堂堂正正地回宮，甚感欣慰。

皇帝帶著三個兒子狩獵時一匹野馬疾奔而過，皇帝策馬追進樹林，野馬似乎發了狂向皇帝衝過來，皇帝摔倒在地，在林中的凌雲徹疾奔躍上野馬，速度雖慢了，馬蹄仍朝皇帝當胸踢來，永琪捨身擋在父皇面前，而躲在一旁的永珹趁機射出箭，野馬倒地，皇帝獲救；凌雲徹護駕有功，晉升為二等御前侍衛，終於調回宮中；如懿跟海蘭聽永琪敘述皇帝遇刺過程，感到永珹剛好救駕事有蹊蹺，但顧忌到永珹正當寵，只能暗中觀察；凌雲徹受皇帝賜婚，與滿洲格格茂倩成親。凌雲徹並不高興，嬿婉以為是他心裡還有自己才如此；四阿哥風頭正盛，如懿讓永琪避開鋒芒，此時如懿發現又懷二胎，皇帝高興不已。

準噶爾內亂，恆娖長公主的夫君因多年殘暴不仁，被叛黨達瓦齊殺死，達瓦齊自立，前朝一片混亂；為表對大清歸順之意，達瓦齊請求乾隆允許自己迎娶恆娖，恆娖不願嫁給自己的殺夫仇人，致信懇請皇兄出兵平定準噶爾；皇帝十分為難。近年來國庫的銀子都流入河道修復，賑災撥糧，無法支撐大軍征戰。
寄養在諴親王府的十阿哥病重，意歡求太后允許自己出宮照顧，太后與她談條件，如果勸得了皇上接恆娖回來，太后便幫她進言，意歡照辦，但無濟於事；如懿也夾在太后和皇帝之間做協調，皇帝答應接十阿哥入宮，並直接面對太后商議恆娖的命運去向，為了減少大清將士的死傷，皇帝選擇犧牲恆娖的婚姻。但十阿哥還未被接入宮，就已去世，意歡悲痛欲絕。

十阿哥死後，嬿婉為爭寵，在喪期練習昆曲，被如懿碰見而懲治，被太監進忠建議她趁意歡喪子體虛，除掉這個對手，嬿婉把坐胎藥的真相告知意歡，意歡震驚找到皇帝追根究柢，皇帝本想跟意歡重新來過，但看意歡如此，皇帝只好承認坐胎藥實際是避孕藥，意歡萬念俱灰，沒想到一片癡心換來的只有虛情假意。她獨自在屋內點火自焚；皇后趕到烈火熊熊的現場，得知意歡在裡面已無法營救，頓時暈厥，胎氣震動導致皇后早產，生下五公主，可是嬰兒面色紫漲，心臟先天不足，不易平安長大，皇后皇帝傷心難過，給的賞銀減半，當年幫嬿婉謀害意歡母體的田姥姥甚是不滿，嬿婉趁機遞銀票籠絡，太后查出嬿婉曾給孕中的意歡下了腎衰藥，傳嬿婉前來問罪。

太后也查到江與彬被耽擱回宮診治，也是出自嬿婉的手筆，嬿婉自求為太后效勞，恰巧皇后派人傳嬿婉問話，太后便下旨命容珮每日給嬿婉掌嘴十下，直至意歡百日祭禮，如懿見太后已經罰了嬿婉便不好再插手。
皇帝納準噶爾勁敵的女兒巴林湄若入宮為嬪，湄若天真爛漫得到皇帝寵愛，皇帝帶著她和皇子們去木蘭圍場狩獵；嬿婉費心害死意歡，還沒來得及爬起來，宮中便有了新人，她為了邀寵，跟皇后托詞有病，請旨回紫禁城靜養，以免病急傳人，但嬿婉沒有回宮，反而擅自偷偷潛入圍場，扮成按摩師傅出現在皇帝泡澡的溫泉，皇帝正因圍場只有蒙古女子陪伴，甚感乏味，嬿婉突然的出現雖違反宮規，乾隆倒也驚喜，兩個蒙古嬪妃心中嫉妒，李玉也將傳訊息稟告了如懿。

蒙古嬪妃們射擊場讓嬿婉難堪，嬿婉暗自練習到手指都被磨破，皇帝心疼而親手教她射箭，嬿婉再度復寵；回宮後，如懿罰嬿婉受板著之刑，以立宮規。
永琪因見皇帝厚待杜爾伯特部，傷感置姑母恆娖夫君達瓦齊於不堪，永珹將永琪的心思透露給皇帝，乾隆惱怒五阿哥心中只有家，罰他跪著思過，太后聽聞永琪為恆娖著想，對永琪多了分好感。
三阿哥永璋的福晉有喜，如懿便把金玉妍送的項圈贈與綠筠增添喜氣；皇帝到鐘粹宮慶賀看見項圈，提醒綠筠鳳凰牡丹乃中宮才能用的圖案，綠筠連忙解釋，李玉想起兩廣總督也給皇帝進貢了同樣的金項圈，想必是一對，一個送給了皇帝，一個私下送給了金玉妍。
海蘭的侄子嗜賭，頻繁進宮要錢，嬿婉看到命人暗中打聽。

皇帝十分不悅金玉妍籠絡皇親國戚，舊令重申，禁止官員與皇子往來，並開始冷落永珹，大清聯合巴林部親王，對準葛爾用兵時，皇帝也不許永珹參與。
凌雲徹想起每年永珹都去木蘭圍場餵養新馴的野馬，是以熟悉馬性。此話令皇帝懷疑圍場遇刺與永珹有關。金玉妍見形勢不妙，寫了一封家書，讓玉氏王爺請求皇上出使玉氏；若皇帝派四阿哥，永珹便可以和玉氏親近，若派五阿哥，便可在路上除掉這勁敵，如懿猜到永琪可能被害，於是建議皇上派諴親王出使；皇帝下令永珹出宮開府，無事不得入宮，八阿哥即日遷往擷芳殿居住，金玉妍震驚，瘋癲般嚷嚷著被人陷害，她差人去外面找了十幾隻狗，護院安心，可犬吠聲太大，嚇到了有心症的五公主。